Sesongen startet med en seier på landeveien over forsvarende Big 12- mester Kansas State 24–21, foran den nest største mengden i Wildcats-historien. I følge ESPN.com betalte Kansas State Bison 350 000 dollar for matchup. Dette var Bison sin fjerde seier på rad mot en FBS -motstander og syvende totalt.
Universitetet var vertskap for ESPN College GameDay 21. september 2013, da Bison møtte Delaware State den ettermiddagen og beseiret Hornets 51–0. Dette var første gang i showets historie at det ble sendt direkte fra Fargo sentrum, og var et sjeldent trekk ved et program som ikke er FBS. Oktober, i en hjemmekamp mot Missouri State, satte Fargodome ny oppmøterekord på en kamp (19 108).
Med en seier i Youngstown State vant Bison sin tredje MVFC -tittel på rad, og fikk en automatisk sluttspillplass. Bison avsluttet den ordinære sesongen med en perfekt totalrekord på 11–0, deres første ubeseirede rekord siden 1990. NDSU mottok 17 poeng i den siste AP -meningsmålinga i 2013 -sesongen, noe som ville ha rangert dem som 29. hvis den meningsmåling rangerte lag utover topp 25.
Desember 2013 ble Bohl introdusert som neste hovedtrener i Wyoming med virkning på slutten av sesongen. 15. desember ble Bison -forsvarskoordinator Chris Klieman valgt som Bohls etterfølger som hovedtrener for 2014 -sesongen .
Seieren deres i FCS -tittelspillet 2013, som ble avholdt 4. januar 2014 på Toyota Stadium i forstaden Dallas i Frisco, Texas , gjorde Bison bare til det andre laget som vant tre påfølgende FCS nasjonale titler, etter løpet 2005–2007 av Appalachian Stat . Bison var også de første ubeseirede FCS -mesterne siden Marshall i 1996 .
Rangering bevegelser Legend: ██ Økning i rangering. ██ Nedgang i rangering. NR = Ikke rangert. RV = Mottatte stemmer. т = Bundet med team over eller under. () = Første plass stemmer.
Rangering bevegelser Legend: ██ Økning i rangering. ██ Nedgang i rangering. NR = Ikke rangert. RV = Mottatte stemmer. т = Bundet med team over eller under. () = Første plass stemmer.