EGR1 - EGR1

EGR1
Tilgjengelige strukturer
PDB	Ortologsøk: PDBe RCSB
Liste over PDB -ID -koder
	4R2A , 4R2C , 4R2D , 4X9J
Identifikatorer
Aliaser	EGR1 , AT225, G0S30, KROX-24, NGFI-A, TIS8, ZIF-268, ZNF225, tidlig vekstrespons 1
Eksterne ID -er	OMIM : 128990 MGI : 95295 HomoloGene : 56394 GenCards : EGR1
Genplassering ( menneske )
Chr.	Kromosom 5 (menneske)
Slutt	138 469 303 bp
RNA -ekspresjonsmønster
	; ;
	Flere referanseuttrykkdata
Genontologi
Molekylær funksjon	• DNA-binding ; • sekvensspesifikk DNA-binding ; • RNA-polymerase II-transkripsjon regulatorisk regionsekvens -spesifikk DNA-binding ; • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 DNA-binding transkripsjonsfaktoraktivitet ; • GO: 0001077, GO: 0001212, GO: 0001213, GO: 0001211, GO: 0001205 DNA-bindende transkripsjonsaktivatoraktivitet, RNA-polymerase II-spesifikk ; • GO: 0000975 transkripsjon cis-regulatorisk regionbinding ; • metallionbinding ; • transkripsjonsfaktoraktivitet, RNA polymerase II kjernepromotor proksimal region sekvensspesifikk binding ; • GO: 0001948 proteinbindende ; • histon-acetyltransferase binding ; • nukleinsyrebindende ; • hemi-metylert DNA-bindende ; • dobbeltkjedet metylert DNA-bindende ; • sinkion binding ; • promoter-spesifikk kromatin binding ; • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 DNA-bindende transkripsjonsfaktoraktivitet, RNA-polymerase II-spesifikk;
Mobil komponent	• nukleoplasma ; • kjerne ; • cytoplasma;
Biologisk prosess	• regulering av apoptotisk prosess ; • cellulær respons på organisk stoff ; • regulering av transkripsjon, DNA-templat ; • glomerulær mesangial celleproliferasjon ; • negativ regulering av transkripsjon med RNA-polymerase II ; • respons på glukose ; • transkripsjon av RNA-polymerase II ; • BMP-signalvei ; • transkripsjon, DNA-templatert ; • positiv regulering av transkripsjon, DNA-templatert ; • respons på insulin ; • interleukin-1-mediert signalvei ; • cellulær respons på mykofenolsyre ; • T-celledifferensiering ; • type I interferonsignalvei ; • positiv regulering av glomerulær metanefrisk mesangial celleproliferasjon ; • cellulær respons på gammastråling ; • regulering av transkripsjon fra RNA -polymerase II -promoter som respons på hypoksi ; • differensiering av skjelettmuskulatur ; • cellulær respons på heparin ; • regulering av proteinsumoylering ; • negativ regulering av kanonisk Wnt -signalvei ; • positiv regulering av transkripsjon av RNA -polymerase II ; • mobilrespons se til interleukin-8 ; • respons på hypoksi ; • respons på iskemi ; • østrosyklus ; • positiv regulering av hormons biosyntetisk prosess ; • regulering av progesteron biosyntetisk prosess ; • regulering av transkripsjon av RNA-polymerase II ; • positiv regulering av genuttrykk ; • døgnregulering av genuttrykk ; • bevegelsesrytme ; • rytmisk prosess ; • døgntemperaturhomeostase ; • positiv regulering av nevrodød ; • positiv regulering av tau-proteinkinaseaktivitet;
	Kilder: Amigo / QuickGO
Ortologer
	1958
	13653
	ENSG00000120738
	ENSMUSG00000038418
	P18146
	P08046
	NM_001964
	NM_007913
	NP_001955
	NP_031939
	Wikidata
Se/rediger Human	Se/rediger mus

EGR-1 (Early growth response protein 1) også kjent som ZNF268 (sinkfingerprotein 268) eller NGFI-A (nervevekstfaktorindusert protein A) er et protein som hos mennesker er kodet av EGR1- genet .

EGR-1 er en transkripsjonsfaktor hos pattedyr . Den fikk også navnet Krox-24, TIS8 og ZENK . Det ble opprinnelig oppdaget hos mus .

Funksjon

Proteinet som er kodet av dette genet tilhører EGR -familien til Cys ₂ His ₂ -type sinkfingerproteiner . Det er et kjerneprotein og fungerer som en transkripsjonsregulator. Produktene av målgenene det aktiverer er nødvendige for differensiering og mitogenese . Studier tyder på at dette er et svulstundertrykkende gen .

Den har et tydelig uttrykksmønster i hjernen, og induksjonen har vist seg å være forbundet med nevronaktivitet. Flere studier tyder på at det har en rolle i nevronal plastisitet .

EGR-1 er en viktig transkripsjonsfaktor i minnet formasjon. Den har en viktig rolle i hjernens nervecellen epigenetisk omprogrammering. EGR-1 rekrutterer TET1- proteinet som starter en vei for DNA-demetylering . Å fjerne DNA -metyleringsmerker tillater aktivering av nedstrøms gener. EGR-1, sammen med TET1, brukes til å programmere fordelingen av metyleringssteder på hjernens DNA under hjernens utvikling, i læring og langsiktig neuronal plastisitet . EGR-1 har også blitt funnet å regulere ekspresjonen av VAMP2 (et protein som er viktig for synaptisk eksocytose ).

Ved siden av sin funksjon i nervesystemet, er det betydelige bevis på at EGR-1 sammen med paralogen EGR-2 er indusert i fibrotiske sykdommer, har viktige funksjoner i fibrinogenese og er nødvendig for eksperimentelt indusert fibrose hos mus.

Det kan også være involvert i eggstokkfunksjonen

Struktur

Det DNA-bindende domenet til EGR-1 består av tre sinkfingerdomener av typen Cys ₂ His ₂ . Aminosyrestrukturen til EGR-1 sinkfingerdomenet er gitt i denne tabellen, ved bruk av aminosyrekoden på én bokstav. Fingrene 1 til 3 er angitt med f1 - f3. Tallene refererer til restene (aminosyrene) til alfa -helix (det er ingen null). Restene merket med 'x' er ikke en del av sinkfingrene, men tjener snarere til å koble dem alle sammen.


																				-1	1	2	3	4	5	6	7	8	9			x	x	x	x	x
f1	M	EN	E	E	R	P	Y	EN	C	P	V	E	S	C	D	R	R	F	S	R	S	D	E	L	T	R	H	Jeg	R	Jeg	H	T	G	Sp	K	P
f2							F	Sp	C	EN	Jeg	-	-	C	M	R	N	F	S	R	S	D	H	L	T	T	H	Jeg	EN	T	H	T	G	E	K	P
f3							F	EN	C	D	Jeg	-	-	C	G	R	K	F	EN	R	S	D	E	R	K	R	H	T	K	Jeg	H	L	R	Sp	K	D

Aminosyrenøkkel: Alanin (Ala, A), Arginine (Arg, R), Asparagin (Asn, N), Aspartinsyre (Asp, D), Cystein (Cys, C), Glutaminsyre (Glu, E), Glutamin ( Gln, Q), Glycin (Gly, G), Histidine (His, H), Isoleucine (Ile, I), Leucine (Leu, L), Lysine (Lys, K), Methionine (Met, M), Fenylalanine (Phe , F), Proline (Pro, P), Serine (Ser, S), Threonine (Thr, T), Tryptophan (Trp, W), Tyrosine (Tyr, Y), Valine (Val, V)

Den krystallstruktur av DNA bundet av zinkfingerdomenet av EGR-1 ble løst i 1991, som i stor grad hjulpet tidlig forskning på zinkfinger-DNA-bindende domener.

Det humane EGR-1-proteinet inneholder (i sin ubehandlede form) 543 aminosyrer med en molekylvekt på 57,5 kDa , og genet er lokalisert på kromosom 5 .

DNA -bindingsspesifisitet

EGR-1 binder DNA-sekvensen 5'-GCG TGG GCG-3 '(og lignende som 5'-GCG GGG GCG-3'). F1 posisjon 6 binder 5 'G (det første basetallet fra venstre); f1 posisjon 3 til den andre basen (C); f1 posisjon -1 binder seg til den tredje posisjonen (G); f2 posisjon 6 til den fjerde basen (T); og så videre.

Interaksjoner

EGR-1 har vist seg å samhandle med:

Se også

Sinkfinger

Referanser

Videre lesning

Heath RG (mars 1975). "Hjernefunksjon og oppførsel. I. Følelser og sansefenomener hos psykotiske pasienter og hos forsøksdyr". Journal of Nervous and Mental Disease . 160 (3): 159–75. doi : 10.1097/00005053-197503000-00002 . PMID 1090709 . S2CID 23024944 .
Silverman ES, Collins T (mars 1999). "Stier for Egr-1-mediert gentranskripsjon i vaskulær biologi" . The American Journal of Pathology . 154 (3): 665–70. doi : 10.1016/S0002-9440 (10) 65312-6 . PMC 1866415 . PMID 10079243 .
Adamson ED, Mercola D (2002). "Egr1 -transkripsjonsfaktor: flere roller i prostatatumorvekst og overlevelse". Tumorbiologi . 23 (2): 93–102. doi : 10.1159/000059711 . PMID 12065847 . S2CID 46795197 .
Blaschke F, Bruemmer D, Law RE (august 2004). "Egr-1 er en viktig vaskulær patogen transkripsjonsfaktor ved åreforkalkning og restenose". Anmeldelser i endokrine og metabolske lidelser . 5 (3): 249–54. doi : 10.1023/B: REMD.0000032413.88756.ee . PMID 15211096 . S2CID 11968305 .
Abdulkadir SA (november 2005). "Mekanismer for prostata tumorigenese: roller for transkripsjonsfaktorer Nkx3.1 og Egr1". Annaler fra New York Academy of Sciences . 1059 : 33–40. doi : 10.1196/annals.1339.018 . PMID 16382041 . S2CID 6774788 .
Khachigian LM (februar 2006). "Tidlig vekstrespons-1 innen kardiovaskulær patobiologi" . Sirkulasjonsforskning . 98 (2): 186–91. doi : 10.1161/01.RES.0000200177.53882.c3 . PMID 16456111 .

Eksterne linker

Zif+268+protein,+menneske ved US National Library of Medicine Medical Subject Headings (MeSH)
Faktorbok Egr-1
Oversikt over all strukturell informasjon tilgjengelig i PDB for UniProt : P18146 (Human Early growth response protein 1) på PDBe-KB .
Oversikt over all strukturell informasjon tilgjengelig i PDB for UniProt : P08046 (Mouse Early growth response protein 1) på PDBe-KB .

Languages

In other projects