Entrez - Entrez
Den Entrez (uttales ɒntreɪ ) Globalt Query Cross-Database Search System er en forent søk motor, eller web-portal som lar brukerne søke gjennom mange diskrete helsefag databaser ved National Center for Biotechnology Information (NCBI) nettside. NCBI er en del av National Library of Medicine (NLM), som selv er en avdeling for National Institutes of Health (NIH), som igjen er en del av United States Department of Health and Human Services . Navnet "Entrez" (en hilsen som betyr "Kom inn" på fransk) ble valgt for å gjenspeile ånden til å ønske publikum velkommen til å søke i innholdet som er tilgjengelig fra NLM.
Entrez Global Query er et integrert søk- og hentesystem som gir tilgang til alle databaser samtidig med en enkelt spørrestreng og brukergrensesnitt. Entrez kan effektivt hente relaterte sekvenser , strukturer og referanser. Entrez -systemet kan gi visninger av gen- og proteinsekvenser og kromosomkart . Noen lærebøker er også tilgjengelige online via Entrez -systemet.
Funksjoner
Entrez -forsiden gir som standard tilgang til den globale spørringen. Alle databaser som er indeksert av Entrez kan søkes via en enkelt spørringsstreng, som støtter boolske operatører og søketermkoder for å begrense deler av søkeuttrykket til bestemte felt. Dette returnerer en enhetlig resultatside, som viser antall treff for søket i hver av databasene, som også er lenker til faktiske søkeresultater for den aktuelle databasen.
Entrez tilbyr også et lignende grensesnitt for å søke i hver enkelt database og for å finjustere søkeresultater. Grensefunksjonen lar brukeren begrense søket i et nettskjemagrensesnitt. Historikk -funksjonen gir en nummerert liste over nylig utførte søk. Resultatene fra tidligere spørsmål kan refereres til etter nummer og kombineres via boolske operatører. Søkeresultater kan lagres midlertidig i et utklippstavle. Brukere med en MyNCBI-konto kan lagre søk på ubestemt tid, og også velge å få oppdateringer med nye søkeresultater sendt på e-post for lagrede spørringer i de fleste databaser. Det er mye brukt innen bioteknologi som et referanseverktøy for studenter og profesjonelle.
Databaser
Entrez søker i følgende databaser:
- PubMed : sitater og abstrakter fra biomedisinsk litteratur, inkludert Medline - artikler fra (hovedsakelig medisinske ) tidsskrifter , ofte inkludert abstrakter. Lenker til PubMed Central og andre fulltekstressurser er tilgjengelig for artikler fra 1990-tallet.
- PubMed Central : gratis artikler i fulltekst i tidsskrifter
- Nettstedssøk: NCBI -nettsteder og FTP -nettsteder
- Bøker: nettbøker
- Online Mendelsk arv i mennesker (OMIM)
- Nukleotid : sekvensdatabase ( GenBank )
- Protein : sekvensdatabase
- Genom : hele genom -sekvenser og kartlegging
- Struktur : tredimensjonale makromolekylære strukturer
- Taksonomi : organismer i GenBank -taksonomi
- dbSNP : enkeltnukleotidpolymorfisme
- Gen : gensentrert informasjon
- HomoloGene : eukaryote homologigrupper
- PubChem Compound: unike kjemiske små molekylstrukturer
- PubChem Substance: deponerte kjemiske stoffregistre
- Genomprosjekt : informasjon om genomprosjekt
- UniGene : genorienterte klynger av transkriptsekvenser
- CDD : konservert proteindomenedatabase
- PopSet : datasett for populasjonsstudier ( epidemiologi )
- GEO -profiler: uttrykk og molekylære overflodprofiler
- GEO datasett : eksperimentelle sett med GEO -data
- Sekvenslesningsarkiv : sekvenseringsdata med høy gjennomstrømning
- Kreftkromosomer : cytogenetiske databaser
- PubChem BioAssay : bioaktivitetsskjermbilder av kjemiske stoffer
- Probe : sekvensspesifikke reagenser
- NLM -katalog : NLM bibliografiske data for over 1,2 millioner tidsskrifter, bøker, audiovisuelle medier, dataprogramvare, elektroniske ressurser og annet materiale fra LocatorPlus (oppdateres hver ukedag).
Adgang
I tillegg til å bruke søkemotorskjemaene til å spørre etter data i Entrez, gir NCBI Entrez Programming Utilities (eUtils) for mer direkte tilgang til spørringsresultater. Du får tilgang til eUtils ved å legge ut spesialformede URL -er til NCBI -serveren og analysere XML -svaret. Det var også et eUtils SOAP -grensesnitt som ble avsluttet juli 2015.
Historie
I 1991 ble Entrez introdusert i CD -form. I 1993 ga en klient-server-versjon av programvaren tilkobling til internett. I 1994 etablerte NCBI et nettsted, og Entrez var en del av denne første utgivelsen. I 2001 ble Entrez bokhylle utgitt, og i 2003 ble Entrez Gene -databasen utviklet.