GISAID - GISAID

GISAID -initiativ
Offisiell GISAID -logo
Forkortelse GISAID
Formasjon Mai 2008 ; 13 år siden ( Mai 2008 )
Type Ideell organisasjon
Offentlig – privat partnerskap
Hensikt Global helse , forskning , utdanning
Hovedkvarter München , Tyskland
Området servert
Verdensomspennende
Metode Donasjoner og tilskudd
Nøkkel folk
Nettsted gisaid.org

GISAID er et globalt vitenskapsinitiativ og hovedkilde etablert i 2008 som gir åpen tilgang til genomiske data om influensavirus og koronaviruset som er ansvarlig for COVID-19- pandemien. Januar 2020 ble de første helgenomsekvensene av SARS-CoV-2 gjort tilgjengelig på GISAID, noe som muliggjorde globale svar på pandemien, inkludert utvikling av de første vaksinene og diagnostiske tester for å påvise SARS-CoV-2. GISAID letter genomisk epidemiologi og sanntidsovervåking for å overvåke fremveksten av nye COVID-19 virale stammer over hele planeten.

Siden etableringen som et alternativ til deling av aviær influensadata via konvensjonelle offentlige arkiv, har GISAID blitt anerkjent for å stimulere til rask utveksling av utbruddsdata under H1N1- pandemien i 2009, H7N9- epidemien i 2013 og COVID-19- pandemien i 2020 .

GISAID ble anerkjent for sin betydning for global helse av G20- helseministre i 2017, og i 2020 kalte Verdens helseorganisasjons sjefforsker data-science-initiativet "en spillveksler".

Opprinnelse

Forkortelsen GISAID funnet første omtale i en korrespondanse brev publisert i tidsskriftet Nature i 2006, legger frem en innledende aspirasjon om å skape en " konsortium " for en ny G lobal jeg nitiative på S Haring A Vian jeg nfluenza D ata, der medlemmene ville slippe data i offentlig tilgjengelige databaser opptil seks måneder etter analyse og validering.

En gruppe forskere på et møte som poserer utendørs
GISAID Next Generation Sequencing Workshop ( Institute Pasteur , Paris 2015)

Selv om det ikke ble etablert noen grunnleggende regler for deling, ble korrespondansebrevet signert av over 70 ledende forskere, inkludert syv nobelprisvinnere , fordi tilgangen til de mest aktuelle genetiske dataene for det svært patogene z55 -zoonotiske viruset ofte var begrenset, delvis på grunn av nøling fra medlemslandene i Verdens helseorganisasjon til å dele virusgenomene sine og sette eierrettigheter i fare.

Det vil ta ytterligere 18 måneder før en internasjonal konsensus om faktiske regler for GISAID -delingsmekanismen kan oppnås blant regjeringer og forskere. Dermed lanserte GISAID offisielt i mai 2008 i Genève i anledning den 61. verdenshelseforsamlingen, som en offentlig tilgjengelig database i stedet for et konsortium som krever medlemskap.

Nærme seg

GISAID -modellen for å stimulere og anerkjenne de som deponerer data har blitt anbefalt som en modell for fremtidige tiltak. Større åpenhet og mer rettidig deling av sekvensdata har vært et mål for mange forskere og interessenter. GISAID -plattformen strekker seg over landegrenser og vitenskapelige disipliner, med ledere innen veterinærmedisin , humanmedisin , bioinformatikk , epidemiologi og intellektuell eiendom . Denne tverrfaglige innsatsen gir nye midler for å kommunisere og dele informasjon, ettersom hver disiplin har forskjellige interesser, men også deler lignende mål. Initiativet kom sammen på en måte som gir æren til de som sender inn data og gjør en betydelig innsats for å jobbe med og inkludere dem i samarbeidsanalyser om virussekvensdata, "ytterligere tippe skalaene til fordel for samarbeid". Forestillingen om å dele ikke bare data, men også fordelene med resulterende forskning, representerte et "paradigmeskifte" som setter bidragsytere fra høyere og lavere ressursmiljøer på likere fot.

Historie

Peter Bogner håndhilser på Robert Kloos
Offisiell signeringsseremoni med GISAID -president Peter Bogner (l) og tysk statssekretær Robert Kloos Kilde: BMELV ( Berlin , april 2010)

GISAID -initiativet ble opprinnelig finansiert av Peter Bogner - en strategisk rådgiver og internasjonal kringkastingssjef - som fungerer som grunnlegger og hovedtilrettelegger. Bogner har ledet oppbyggingen av denne plattformen ved å samle verdens ledende forskere og interessenter som er aktivt engasjert i å akselerere forståelsen av denne potensielle menneskelige pandemien ved raskt å dele vitenskapelige data og resultater. I januar 2006 møtte Bogner den amerikanske innenrikssekretæren Michael Chertoff i World Economic Forum i Davos , Sveits , og ble fortalt om den amerikanske regjeringens beredskapskonsept for å håndtere potensialet for en influensapandemi. Bekymringen for et pandemiscenario ble økt.

I november 2006 mottok initiativet godkjennelsen av både The Royal Society og Academy of Medical Sciences . I februar 2007 ble det kunngjort at GISAID og Swiss Institute of Bioinformatics , som leder et sveitsisk konsortium for å forvalte GISAID -databasen om influensavirusstammer, hadde signert en samarbeidsavtale. I henhold til denne avtalen skulle det Genève-baserte instituttet tilby tjenester for sikker lagring og analyse av genetiske, epidemiologiske og kliniske data.

I januar 2007 sluttet Indonesia å dele alle H5N1 -kliniske prøver med WHO. I mars 2007 kunngjorde Siti Fadilah Supari , Indonesias helseminister, at den indonesiske regjeringen støtter dannelsen av Global Initiative on Sharing Avian Influenza Database (GISAID) etter et WHO-møte på høyt nivå i Jakarta om ansvarlig praksis for deling av fugleinfluensavirus. I april 2007 bekreftet det indonesiske vitenskapsakademiet sin godkjenning av GISAID og sa at de deler de samme idealene om fri utveksling og ansvarlig deling av informasjon om aviær influensa og nye smittsomme sykdommer.

I 2008 ble GISAID vedtatt av "WHO Collaborating Centers for Influenza" for å legge inn sekvensdata fra prøver mottatt fra National Influenza Centers (NICs) i WHO Global Influenza Surveillance and Response System .

I april 2010 kunngjorde Forbundsrepublikken Tyskland under den syvende internasjonale ministerkonferansen om fugle- og pandemisk influensa i Hanoi , Vietnam , at GISAID-initiativet inngikk en samarbeidsavtale med den tyske regjeringen, noe som gjorde Tyskland til den langsiktige verten for GISAID plattform. I henhold til avtalen vil Tyskland, representert ved det føderale departementet for mat, landbruk og forbrukerbeskyttelse BMELV , sikre initiativets bærekraft ved å tilby gjennom sitt føderale kontor for landbruk og mat (BLE) de tekniske vertsfasilitetene til GISAID -plattformen og EpiFlu ™ -database, lokalisert i Bonn . Tysklands føderale instituttet for dyrehelse den Friedrich Loeffler Institute (FLI) ligger på Isle of Riems , vil sikre troverdighet og konservering av vitenskapelig data i GISAID å møte vitenskapelige standarder.

Januar 2020 ble de første genetiske sekvensene av SARS-CoV-2 utgitt av det kinesiske senteret for sykdomskontroll og forebygging og delt gjennom GISAID. Gjennom 2020 har enorme mengder SARS-CoV-2 genom-sekvenser som er samplet og analysert over hele verden blitt lagt til GISAID-databasen, raskt delt av laboratorier rundt om i verden.

SARS-CoV-2 database

Fra å dele de første komplette genom-sekvensene av SARS-CoV-2 i begynnelsen av januar 2020, i midten av april 2021, nådde GISAIDs SARS-CoV-2-database over 1200 000 innsendinger, et bevis på hardt arbeid fra forskere i over 170 forskjellige land. Bare tre måneder senere hadde antallet opplastede SARS-CoV-2-sekvenser doblet seg igjen til over 2,4 millioner. Gjennom det første året av COVID-19-pandemien ble de fleste av SARS-CoV-2 helgenomsekvensene som ble generert og delt globalt sendt inn via GISAID.

styresett

GISAIDs styringsstruktur sørger for flere organisasjonsorganer som opererer uavhengig av hverandre, med sikte på å beskytte seg mot skjevhet i beslutningsprosesser. GISAIDs administrative saker blir overvåket av et forstanderskap som forventes å minimere potensielle interessekonflikter angående GISAIDs finansieringskilder. Vitenskapelig tilsyn med initiativet kommer fra dets vitenskapelige råd som består av direktører for ledende folkehelselaboratorier, inkludert alle seks WHO -samarbeidssentre for influensa, og direktører for dyrehelse -referanselaboratorier for forskning på fugleinfluensa for Verdensorganisasjonen for dyrehelse og Food and Agriculture Organization of the United Nations . Denne styringsstrukturen er ment å forbedre de funksjonelle egenskapene til EpiFlu ™ -databasen som administreres av GISAIDs Database Technical Group, sammensatt av eksperter innen virussekvensering og bioinformatikk , som representerer brukermiljøet for å samhandle med programvare og utviklere av verktøy for analyse.

Tilgang og immateriell eiendom

I motsetning til offentlige databaser som GenBank og EMBL , må brukere av GISAID få sin identitet bekreftet og godta en databasetilgangsavtale som styrer måten GISAID-data kan brukes på. Disse vilkårene for bruk forhindrer brukere i å dele data med andre brukere som ikke har godtatt vilkårene for bruk. Vilkårene for bruk krever at brukere av dataene må anerkjenne datageneratorene i publisert arbeid, og også gjøre et rimelig forsøk på å samarbeide med datageneratorer og involvere dem i forskning og analyse som bruker dataene deres.

En vanskelighet som GISAIDs datatilgangsavtale prøver å løse er at mange forskere frykter deling av influensasekvensdata kan lette misbruk av immaterielle rettigheter fra vaksineindustrien og andre, og hindre tilgang til vaksiner og andre varer i utviklingsland, enten gjennom høye kostnader eller ved å forhindre teknologioverføring . Mens de fleste eksperter i allmenn interesse er enige med GISAID om at influensasekvensdata skal offentliggjøres, og dette er gjenstand for enighet for mange forskere, gir noen informasjonen først etter at de har inngitt patentkrav, mens andre har sagt at tilgangen til den bare bør være på betingelse om at det ikke blir fremsatt patenter eller andre krav om immateriell eiendom. GISAIDs datatilgangsavtale adresserer dette direkte for å fremme deling av data. GISAIDs prosedyrer foreslår i tillegg at de som får tilgang til EpiFlu -databasen konsulterer opprinnelseslandene til genetiske sekvenser og forskerne som oppdaget sekvensene. Som et resultat har GISAID -lisensen endret feltet for virussekvensdataanalyse.

Referanser

Videre lesning

Eksterne linker