grid.org - grid.org
grid.org var et nettsted og et nettbasert samfunn som ble opprettet i 2001 for brukere av klyngedatamaskiner og databehandlingsprogramvare . I seks år drev det flere forskjellige frivillige databehandlingsprosjekter som gjorde det mulig for medlemmene å donere reservedatasystemene sine til verdige årsaker. I 2007 ble det et fellesskap for open source klynge- og nettverksprogramvare. Etter rundt 2010 omdirigerte den til andre nettsteder.
innhold
Frivillige databehandlingsprosjekter
Fra etableringen i april 2001 til 27. april 2007 var grid.org nettstedet og organisasjonen som drev distribuerte databehandlingsprosjekter som United Devices Cancer Research Project. Det ble sponset filantropisk av United Devices (UD) og medlemmene deltok i frivillig databehandling ved å kjøre UD Agent-programvaren (versjon 3.0).
| Tidslinje for prosjekter som vert arrangert av grid.org |
|---|
|
Kreftforskningsprosjekt
United Devices Cancer Research Project, som startet i 2001, søkte mulige medisiner for behandling av kreft ved hjelp av distribuert databehandling . Det var rundt 150 000 brukere i USA og 170 000 i Europa sammen med hundretusener til i andre deler av verden.
Prosjektet var en allianse mellom flere selskaper og organisasjoner:
- United Devices Inc.
- National Foundation for Cancer Research
- University of Oxford Institutt for kjemi
- Givere for molekylær forskning
United Devices ga ut kreftforskningen skjermsparer under prinsippet om å bruke reservekraft. Programmet, som kunne settes til å kjøre kontinuerlig, brukte "virtuell screening" for å finne mulige interaksjoner mellom molekyler og målproteiner, dvs. et medikament. Disse molekylene ( ligander ) blir sendt til vertsdatamaskinens UD Agent. Når disse molekylene kobles vellykket med et målprotein, blir denne interaksjonen scoret for videre undersøkelse.
Forskningen besto av to faser:
- Fase 1 testet over 3 milliarder medikamentlignende molekyler mot 12 proteiner som var kjent for å være egnede mål for medisiner mot kreft. Den brukte "TENK" -programvaren for simulering av molekylære interaksjoner.
- Fase 2, ved bruk av "LigandFit" -programvaren utviklet av Accelrys for å modellere interaksjoner, forsøkte å avgrense fase 1-dataene for å produsere en mer håndterbar liste over medikamentkandidater for testing som ville kreve eksperimentelle samarbeidspartnere, inkludert noen fra industrien.
Human Proteome Folding Project, fase 1
Den IBM -sponsored Menneskelig Proteome Folding Prosjekt ( "HPF"), fase 1, ble annonsert 16. november 2004 og ble avsluttet 3. juli operert 2006. Prosjektet samtidig på både grid.org og IBMs World Community Grid .
Den benyttet seg av programvaren "Rosetta" for å forutsi strukturen til humane proteiner for å bidra til å forutsi proteiners funksjon. Denne informasjonen kan en dag brukes til å hjelpe til med å kurere en rekke sykdommer og genetiske defekter.
I følge en kunngjøring på grid.org-foraene, etter at HPF1-prosjektet var fullført, ble det igjen å fortsette å kjøre på grid.org til 9. august 2006. I løpet av den tiden fikk medlemmer hvis datamaskiner var konfigurert til å kjøre dette prosjektet nytt arbeid og brukte databehandlingsressurser på å beregne et resultat, men resultatet ble returnert til grid.org bare for poeng — det ble ikke brukt til vitenskapelig forskning.
Status for Human Proteome Folding Project forårsaket noen diskusjoner på grid.org-fora. De fleste medlemmene ønsket å se all tilgjengelig datakraft rettet mot det fortsatt aktive kreftprosjektet, men UD-representant Robby Brewer hevdet at "noen [brukere] liker skjermspareren". Som nevnt ovenfor, til slutt ble det overflødige HPF1-arbeidet på grid.org stoppet.
Pokke-prosjekt
Den Kopper Forskning Grid var en del United Devices "Patriot Grid" initiativ for å bekjempe biologisk terrorisme. Dette prosjektet bidro til å analysere potensielle medikamentkandidater for en medisinsk terapi i kampen mot koppevirus. Den benyttet seg av "LigandFit" -programvaren (som allerede hadde blitt brukt av fase 2 av Cancer Research-prosjektet), men med et spesialisert sett målmolekyler som målrettet mot koppevirus .
Partnerne i prosjektet inkluderte University of Oxford , University of Western Ontario , Memorial Sloan – Kettering Cancer Center , Essex University , Evotec OAI , Accelrys og IBM .
The World Community Grid stor grad begynte på grunn av suksessen til dette prosjektet.
Anthrax Project
Den Anthrax Research Project var en del av United Devices "Patriot Grid" initiativ for å bekjempe biologisk terrorisme. Den benyttet seg av "LigandFit" -programvaren (som allerede hadde blitt brukt av fase 2 av Cancer Research-prosjektet), men med et spesialisert sett målmolekyler som målrettet de avanserte stadiene av miltbrannbakteriell infeksjon.
Prosjektet ble operert fra 22. januar 2002 til 14. februar 2002 og ble avsluttet etter at totalt 3,57 milliarder molekyler var ferdige med screening. Resultatene fra forskningsprosjektet ble overført til biologiske forskere for å fullføre screeningen av beregningssimuleringene.
Partnerne i prosjektet inkluderte Oxford University .
HMMER-prosjekt
Den HMMER genetisk forskning prosjektet gjort bruk av skjulte Markov-modellen for å søke etter mønstre i genetiske DNA-sekvenser.
Webload-prosjekt
The Web Performance Testing prosjektet ble drevet som en kommersiell mulighet med å velge web hosting leverandører for å hjelpe dem å teste skalerbarhet av deres serverinfrastrukturer etter perioder med høy etterspørsel.
Open source rutenettfellesskap
I november 2007 ble grid.org omdisponert av Univa som et fellesskap for å tillate brukere å samhandle og diskutere open source klynge- og rutenettrelaterte emner. Det gjorde det mulig for brukere å laste ned, få støtte for, bidra til og rapportere problemer om open source Globus Toolkit- baserte produkter som tilbys av Univa. Over 100 000 unike besøkende ble rapportert i 2008. Rundt midten av 2010 ble det omdirigert til Unicluster.org (et Univa-produkt), og innen 2012 ble det omdirigert til Univas hovedside.