PubMed - PubMed

PubMed
PubMed logo blå.svg
Kontakt
Forskningssenter United States National Library of Medicine (NLM)
Utgivelsesdato Januar 1996 ; 25 år siden ( 1996-01 )
Adgang
Nettsted pubmed .ncbi .nlm .nih .gov

PubMed er en gratis søkemotor som først og fremst får tilgang til MEDLINE -databasen med referanser og sammendrag om biovitenskap og biomedisinske emner. The United States National Library of Medicine (NLM) på National Institutes of Health opprettholde databasen som en del av Entrez system for informasjonsgjenfinning .

Fra 1971 til 1997 hadde online tilgang til MEDLINE -databasen hovedsakelig vært gjennom institusjonelle fasiliteter, for eksempel universitetsbiblioteker . PubMed, som først ble utgitt i januar 1996, innledet en tid med privat, gratis, hjemme- og kontorbasert MEDLINE-søk. PubMed -systemet ble tilbudt gratis for publikum fra juni 1997.

Innhold

I tillegg til MEDLINE gir PubMed tilgang til:

  • eldre referanser fra den trykte versjonen av Index Medicus , tilbake til 1951 og tidligere
  • referanser til noen tidsskrifter før de ble indeksert i Index Medicus og MEDLINE, for eksempel Science , BMJ og Annals of Surgery
  • helt ferske oppføringer i poster for en artikkel før den blir indeksert med Medical Subject Headings (MeSH) og lagt til MEDLINE
  • en samling bøker tilgjengelig fulltekst og andre undersett av NLM-poster
  • PMC -sitater
  • NCBI bokhylle

Mange PubMed -poster inneholder lenker til artikler i fulltekst, hvorav noen er fritt tilgjengelige, ofte i PubMed Central og lokale speil, for eksempel Europe PubMed Central .

Informasjon om tidsskriftene som er indeksert i MEDLINE, og tilgjengelig via PubMed, finnes i NLM -katalogen.

Per 27. januar 2020 har PubMed mer enn 30 millioner sitater og sammendrag som dateres tilbake til 1966, selektivt til år 1865, og veldig selektivt til 1809. Fra samme dato er 20 millioner av PubMeds poster oppført med sine sammendrag, og 21,5 millioner poster har lenker til fulltekstversjoner (hvorav 7,5 millioner artikler er tilgjengelige, fulltekst gratis). I løpet av de siste 10 årene (som slutter 31. desember 2019), ble det i gjennomsnitt lagt til nesten 1 million nye rekorder hvert år. Omtrent 12% av postene i PubMed tilsvarer kreftrelaterte oppføringer, som har vokst fra 6% på 1950-tallet til 16% i 2016. Andre betydelig andel av postene tilsvarer "kjemi" (8,69%), "terapi" (8,39 %) og "infeksjon" (5%).

I 2016 endret NLM indekseringssystemet slik at utgivere direkte kan rette skrivefeil og feil i PubMed indekserte artikler.

Det er rapportert at PubMed inkluderer noen artikler publisert i rovdyrsskrifter. MEDLINE og PubMed -retningslinjene for valg av tidsskrifter for inkludering av databaser er litt forskjellige. Svakheter i kriteriene og prosedyrene for indeksering av tidsskrifter i PubMed Central kan tillate publikasjoner fra rovdyrskrifter å lekke inn i PubMed.

Kjennetegn

Nettsidedesign

Et nytt PubMed-grensesnitt ble lansert i oktober 2009 og oppmuntret til bruk av slike raske, Google-lignende søkeformuleringer; de har også blitt beskrevet som "telegram" -søk. Som standard er resultatene sortert etter Siste, men dette kan endres til Best Match, Publication Date, First Author, Last Author, Journal eller Title.

Webdesignet og domenet til PubMed ble oppdatert i januar 2020 og ble standard 15. mai 2020, med de oppdaterte og nye funksjonene. Det var en kritisk reaksjon fra mange forskere som ofte bruker nettstedet.

PubMed for grafregnere/mobiler

PubMed/MEDLINE kan nås via håndholdte enheter, for eksempel ved å bruke "PICO" -alternativet (for fokuserte kliniske spørsmål) opprettet av NLM. Et "PubMed Mobile" -alternativ, som gir tilgang til en mobilvennlig, forenklet PubMed -versjon, er også tilgjengelig.

Søk

Standard søk

Enkle søk på PubMed kan utføres ved å legge inn viktige aspekter ved et emne i PubMed -søkevinduet.

PubMed oversetter denne første søkeformuleringen og legger automatisk til feltnavn, relevante MeSH -termer (Medical Subject Headings), synonymer, boolske operatører og 'hekker' de resulterende begrepene på riktig måte, og forbedrer søkeformuleringen betydelig, spesielt ved rutinemessig kombinasjon (ved hjelp av OR operator) tekstord og MeSH -termer.

Eksemplene gitt i en PubMed -opplæring demonstrerer hvordan denne automatiske prosessen fungerer:

Årsaker Søvnvandring er oversatt som ("etiologi" [underoverskrift] ELLER "etiologi" [Alle felt] ELLER "årsaker" [Alle felt] ELLER "årsakssammenheng" [MeSH -vilkår] ELLER "årsakssammenheng" [Alle felt]) OG ("somnambulisme "[MeSH -vilkår] ELLER" somnambulisme "[Alle felt] ELLER (" søvn "[Alle felt] OG" gående "[Alle felt]) ELLER" søvnvandring "[Alle felt])

Like måte,

mykt angrep Aspirinforebygging er oversatt som ("hjerteinfarkt" [MeSH -vilkår] ELLER ("myokardial" [alle felt] OG "infarkt" [alle felt]) ELLER "hjerteinfarkt" [alle felt] ELLER ("hjerte" [alle) Felt] OG "angrep" [Alle felt]) ELLER "hjerteinfarkt" [Alle felt]) OG ("aspirin" [MeSH -vilkår] ELLER "aspirin" [Alle felt]) OG ("forebygging og kontroll" [Underoverskrift] ELLER ("forebygging" [Alle felt] OG "kontroll" [Alle felt]) ELLER "forebygging og kontroll" [Alle felt] ELLER "forebygging" [Alle felt])

Omfattende søk

For optimale søk i PubMed er det nødvendig å forstå kjernekomponenten MEDLINE, og spesielt MeSH (Medical Subject Headings) kontrollert vokabular som brukes til å indeksere MEDLINE -artikler. De kan også kreve komplekse søkestrategier, bruk av feltnavn (tagger), riktig bruk av grenser og andre funksjoner; referansebibliotekarer og søkespesialister tilbyr søketjenester.

Søket i PubMed -søkevinduet anbefales bare for søk etter entydige emner eller nye intervensjoner som ennå ikke har opprettet en MeSH -overskrift, samt for søk etter kommersielle merker av medisiner og egennavn. Det er også nyttig når det ikke er noen passende overskrift eller beskrivelsen representerer et delvis aspekt. Søket med synonymordbok MeSH er mer nøyaktig og vil gi færre irrelevante resultater. I tillegg sparer det ulempen med fritekstsøk der stavemåten, entall/flertall eller forkortede forskjeller må tas i betraktning. På den andre siden vil ikke artikler som nylig er inkorporert i databasen som det ennå ikke er tilordnet beskrivelser til, bli funnet. Derfor, for å garantere et uttømmende søk, må en kombinasjon av kontrollerte språkoverskrifter og friteksttermer brukes.

Tidsskriftartikkelparametere

Når en journalartikkel blir indeksert, trekkes ut mange artikkelparametere og lagres som strukturert informasjon. Slike parametere er: Artikkeltype (MeSH-termer, f.eks. "Clinical Trial"), Sekundære identifikatorer, (MeSH-termer), Språk, Journal of Journal eller publikasjonshistorikk (e-publikasjonsdato, utskriftsdato for utskrift av journal).

Publikasjonstype: Kliniske spørsmål/systematiske anmeldelser

Publikasjonstypeparameter tillater søk etter publikasjonstype , inkludert rapporter om ulike typer klinisk forskning.

Sekundær ID

Siden juli 2005 trekker MEDLINE -artikkelindekseringsprosessen ut identifikatorer fra artikkelabstraktet og setter dem i et felt som kalles Secondary Identifier (SI). Det sekundære identifikasjonsfeltet er å lagre tiltredelsesnumre til forskjellige databaser med molekylære sekvensdata, genuttrykk eller kjemiske forbindelser og kliniske prøve -ID -er. For kliniske studier trekker PubMed ut prøve -ID -er for de to største forsøksregistrene: ClinicalTrials.gov (NCT -identifikator) og International Standard Randomized Controlled Trial Number Register (IRCTN -identifikator).

Se også

En referanse som vurderes som spesielt relevant kan merkes og "relaterte artikler" kan identifiseres. Hvis det er relevant, kan flere studier velges og relaterte artikler til dem alle kan genereres (på PubMed eller noen av de andre NCBI Entrez -databasene) ved hjelp av alternativet "Finn relaterte data". De relaterte artiklene blir deretter oppført i rekkefølge etter "slektskap". For å lage disse listene med relaterte artikler sammenligner PubMed ord fra tittelen og sammendraget av hver sitasjon, samt MeSH-overskriftene som er tilordnet, ved hjelp av en kraftig ordvektet algoritme. Funksjonen "relaterte artikler" er dømt til å være så presis at forfatterne av et papir foreslo at den kan brukes i stedet for et fullstendig søk.

Kartlegging til MeSH

PubMed linker automatisk til MeSH -vilkår og underoverskrifter. Eksempler vil være: "dårlig ånde" lenker til (og inkluderer i søket) "halitose", "hjerteinfarkt" til "hjerteinfarkt", "brystkreft" til "brystneoplasmer". Hvor det er hensiktsmessig "utvides" disse MeSH -vilkårene automatisk, det vil si mer spesifikke termer. Begreper som "sykepleie" er automatisk knyttet til "Nursing [MeSH]" eller "Nursing [Subheading]". Denne funksjonen kalles Auto Term Mapping og er som standard vedtatt i fritekstsøk, men ikke eksakt frasesøk (dvs. omslutt søket med doble anførselstegn). Denne funksjonen gjør PubMed-søk mer følsomme og unngår falsk-negative (tapte) treff ved å kompensere for mangfoldet av medisinsk terminologi.

PubMed bruker ikke automatisk kartlegging av begrepet under følgende omstendigheter: ved å skrive den siterte setningen (f.eks. "Nyreallograft"), når den er avkortet på stjernen (f.eks. Nyreallograft*), og når du ser med feltetiketter (f.eks. Kreft [ti]).

Min NCBI

PubMed valgfritt anlegg "My NCBI" (med gratis registrering) gir verktøy for

  • lagre søk
  • filtrering av søkeresultater
  • sette opp automatiske oppdateringer sendt på e-post
  • lagringssett med referanser hentet som en del av et PubMed -søk
  • konfigurere visningsformater eller markere søkeord

og et bredt spekter av andre alternativer. "My NCBI" -området kan nås fra hvilken som helst datamaskin med nettilgang. En tidligere versjon av "My NCBI" ble kalt "PubMed Cubby".

LinkOut

LinkOut er et NLM-anlegg for å koble til og gjøre lokalt journaljournaler i fulltekst tilgjengelig. Omtrent 3200 nettsteder (hovedsakelig akademiske institusjoner) deltar i dette NLM -anlegget (fra mars 2010), fra Aalborg University i Danmark til ZymoGenetics i Seattle. Brukere ved disse institusjonene ser institusjonens logo i PubMed-søkeresultatet (hvis journalen finnes på den institusjonen) og får tilgang til hele teksten. Link out blir konsolidert med Outside Tool fra den store plattformoppdateringen som kommer sommeren 2019.

PubMed Commons

I 2016 lar PubMed forfattere av artikler kommentere artikler indeksert av PubMed. Denne funksjonen ble opprinnelig testet i en pilotmodus (siden 2013) og ble gjort permanent i 2016. I februar 2018 ble PubMed Commons avbrutt på grunn av at "bruken har forblitt minimal".

askMEDLINE

askMEDLINE, et fritekstverktøy for naturlig språk for MEDLINE/PubMed, utviklet av NLM, også egnet for grafregnere.

PubMed -identifikator

En PMID (PubMed -identifikator eller PubMed unik identifikator) er en unik heltallsverdi , som starter med 1, tilordnet hver PubMed -post. En PMID er ikke det samme som en PMCID (PubMed Central identifier) ​​som er identifikatoren for alle verk publisert i gratis tilgang til PubMed Central .

Tildelingen av en PMID eller PMCID til en publikasjon forteller leseren ingenting om innholdets type eller kvalitet. PMID-er tildeles brev til redaktøren , redaksjonelle meninger, opp-ed- spalter og ethvert annet stykke som redaktøren velger å inkludere i tidsskriftet, samt fagfellevurderte artikler. Eksistensen av identifikasjonsnummeret er heller ikke et bevis på at papirene ikke er trukket tilbake for bedrageri, inkompetanse eller mislighold. Kunngjøringen om eventuelle rettelser til originalpapirer kan tildeles en PMID.

Hvert tall som er angitt i søkevinduet i PubMed, behandles som standard som om det var et PMID. Derfor kan enhver referanse i PubMed lokaliseres ved hjelp av PMID.

Alternative grensesnitt

MEDLINE er en av databasene som er tilgjengelige via PubMed. Flere selskaper gir tilgang til MEDLINE gjennom plattformene sine.

National Library of Medicine leier ut MEDLINE-informasjonen til en rekke private leverandører som Embase , Ovid , Dialog , EBSCO , Knowledge Finder og mange andre kommersielle, ikke-kommersielle og akademiske tilbydere. I oktober 2008 var det utstedt mer enn 500 lisenser, mer enn 200 av dem til leverandører utenfor USA. Siden lisenser for å bruke MEDLINE -data er gratis tilgjengelig, gir NLM i virkeligheten en gratis testplass for et bredt spekter av alternative grensesnitt og tredjeparts tillegg til PubMed, en av få få, profesjonelt kuraterte databaser som tilbyr dette alternativet.

Lu identifiserer et utvalg av 28 nåværende og gratis nettbaserte PubMed-versjoner, som ikke krever installasjon eller registrering, som er gruppert i fire kategorier:

  1. Rangering av søkeresultater, for eksempel: eTBLAST ; MedlineRanker; MiSearch;
  2. Klyngeresultater etter emner, forfattere, tidsskrifter etc., for eksempel: Anne O'Tate ; ClusterMed;
  3. Forbedring av semantikk og visualisering, for eksempel: EBIMed; MedEvi.
  4. Forbedret søkegrensesnitt og hentingsopplevelse, for eksempel askMEDLINE BabelMeSH; og PubCrawler.

Ettersom de fleste av disse og andre alternativer hovedsakelig er avhengige av PubMed/MEDLINE -data som er leaset på lisens fra NLM/PubMed, har begrepet "PubMed -derivater" blitt foreslått. Uten behov for å lagre omtrent 90 GB originale PubMed-datasett, kan hvem som helst skrive PubMed-applikasjoner ved hjelp av grensesnittet eutils-application program som beskrevet i "The E-utilities In-Depth: Parameters, Syntax and More", av Eric Sayers, PhD. Ulike siteringsformatgeneratorer, som tar PMID-tall som input, er eksempler på at webapplikasjoner bruker grensesnittet eutils-application program. Eksempel på nettsider inkluderer Citation Generator - Mick Schroeder , Pubmed Citation Generator - Ukens ultralyd , PMID2cite og Cite this for me .

Data mining av PubMed

Alternative metoder for å utvinne den data i PubMed bruk programmering miljøer som Matlab , Python eller R . I disse tilfellene blir forespørsler fra PubMed skrevet som kodelinjer og sendt til PubMed, og svaret blir deretter behandlet direkte i programmeringsmiljøet. Koden kan automatiseres til systematisk spørringer med forskjellige søkeord som sykdom, år, organer, etc. En fersk publikasjon (2017) fant at andelen kreftrelaterte oppføringer i PubMed har steget fra 6% på 1950-tallet til 16% i 2016 .

Dataene som er tilgjengelig for PubMed kan speiles lokalt ved hjelp av et uoffisielt verktøy som MEDOC.

Millioner av PubMed -poster øker ulike åpne datasett om åpen tilgang , som Unpaywall . Dataanalyseverktøy som Unpaywall Journals brukes av biblioteker for å hjelpe til med store kanselleringer: biblioteker kan unngå abonnementer på materialer som allerede er betjent av umiddelbar åpen tilgang via åpne arkiver som PubMed Central.

Se også

Referanser

Eksterne linker