PhyloCode -PhyloCode

The International Code of Phylogenetic Nomenclature , kjent som PhyloCode for short, er et formelt sett med regler for fylogenetisk nomenklatur . Sin nåværende versjonen er spesielt designet for å regulere navngiving av clades , forlater styringen av artsnavnene opp til rang-baserte nomenklatur koder ( ICN , ICZN , ICNB , ICVCN ).

Den phylocode er forbundet med den International Society for fylogenetisk nomenklatur (ISPN). Ledsagervolumet, Phylonyms , etablerer 300 taxonnavn under PhyloCode , og fungerer som eksempler for de som ikke er kjent med koden. RegNum er en tilknyttet online database for registrerte clade -navn.

Den phylocode regulerer fylogenetisk nomenklatur ved å gi regler for hvilke assosiasjoner til navn og definisjoner anses etablert, hvilke av disse vil bli vurdert homonyms eller synonymer, og som en av et sett med synonymer eller homonyms vil bli vurdert akseptert (vanligvis en registrert første ; se nedenfor). Den phylocode bare gjelder navnsettingen av subtypene , ikke av paraphyletic eller polyphyletic -grupper, og tillater kun bruk av eksemplarer , arter , og apomorphies som beskrivende (forankringer).

Fylogenetisk nomenklatur

I motsetning til rangbaserte nomenklaturkoder ( ICN , ICZN , ICNB ), krever PhyloCode ikke bruk av ranger , selv om den eventuelt tillater bruk av dem. De rangebaserte kodene definerer taxa ved hjelp av en rangering (for eksempel slekt , familie , etc.) og i mange tilfeller et typeprøve eller en subtakson . Det eksakte innholdet i et taxon, annet enn typen, er ikke spesifisert av de rangebaserte kodene.

I kontrast, under fylogenetisk nomenklatur, er innholdet i taxa avgrenset ved hjelp av en definisjon som er basert på fylogeni (dvs. forfedre og avstamning) og bruker spesifikatorer (f.eks. Arter, prøver, apomorfier) ​​for å indikere faktiske organismer . Formelen for definisjonen indikerer en forfader. Den definerte taxonen er altså den forfaren og alle dens etterkommere. Således er innholdet i et fylogenetisk definert takson avhengig av en fylogenetisk hypotese.

Følgende er eksempler på typer fylogenetisk definisjon (store bokstaver angir spesifisatorer):

  • Nodebasert : "kladen med opprinnelse fra den siste vanlige stamfaren til A og B" eller "den minst inkluderende kladen som inneholder A og B"
  • Grenbasert : "kladen som består av A og alle organismer eller arter som deler en nyere felles stamfar med A enn med Z" eller "den mest inkluderende kladen som inneholder A, men ikke Z." Et annet begrep for definisjoner av denne typen er stamme-basert .
  • Apomorphy-basert : "kladen med opprinnelse med den første organismen eller arten som hadde apomorfi M arvet av A".

Andre typer definisjoner er også mulige, med tanke på ikke bare organismenes fylogenetiske forhold og apomorfier, men også om relaterte organismer eksisterer eller ikke .

Tabellen nedenfor gir eksempler på fylogenetiske definisjoner av klader som også har rangeringer i tradisjonell nomenklatur. Når alle spesifisatorene i en nodebasert definisjon er eksisterende eksemplarer eller arter, som i den følgende definisjonen av Mammalia, defineres en krongruppe . (Den tradisjonelle definisjonen av Mammalia er mindre restriktiv, inkludert noen fossile grupper utenfor krongruppen.)

Navn Rang Type Mulig fylogenetisk definisjon
Tyrannosauridae Familie Tyrannosaurus
Osborn 1905
Minst inkluderende klade som inneholder Tyrannosaurus rex Osborn 1905, Gorgosaurus libratus Lambe 1914 og Albertosaurus sarcophagus Osborn 1905
Mammalia Klasse Ikke tilgjengelig Clade med opprinnelse fra den siste vanlige forfaren til mennesker, Homo sapiens Linnaeus 1758 og platypuses, Ornithorhynchus anatinus Shaw 1799
Rodentia Rekkefølge Ikke tilgjengelig Mest inkluderende klade som inneholder husmusen, Mus musculus Linnaeus 1758, men ikke den østlige bomullshalen, Sylvilagus floridanus Allen 1890
Neornithes
(moderne fugler)
Underklasse Ikke tilgjengelig Clade med opprinnelse fra den siste vanlige stamfaren til de eksisterende medlemmene av den mest inkluderende kladen som inneholder spurven Passer domesticus Linnaeus 1758, men ikke dinosauren Stegosaurus armatus Marsh 1887
Tetrapoda Superklasse Ikke tilgjengelig Clade med opprinnelse fra den tidligste forfaren som Homo sapiens Linnaeus 1758 arvet lemmer med fingre eller tær fra

Versjoner

Utkastet til PhyloCode har gjennomgått flere revisjoner. Alle eldre versjoner finnes på nettstedet . Fra januar 2020 er den nåværende versjonen 5, avsluttet januar 2014 og utgitt 21. januar 2019.

Organisasjon

Som med andre nomenklaturkoder, er reglene i PhyloCode organisert som artikler, som igjen er organisert som kapitler. Hver artikkel kan også inneholde notater, eksempler og anbefalinger.

Innholdsfortegnelse

Registreringsdatabase

Når implementert, den phylocode vil bli assosiert med en registreringsdatabase , kalt Regnum , som vil lagre alle klade navn og definisjoner som vil bli vurdert akseptabelt. Det er håp om at dette vil gi et offentlig brukbart verktøy for å knytte clade -navn til definisjoner, som deretter kan knyttes til sett med subtaxa eller prøver gjennom fylogenetiske tredatabaser (for eksempel TreeBASE ).

Som for øyeblikket planlagt, vil imidlertid den viktigste bruken av RegNum være beslutningen om hvilken av en rekke synonymer eller homonymer som vil bli ansett som akseptert: den med det laveste registreringsnummeret, unntatt i tilfeller av bevaring.

Historie

(Samlet fra PhyloCodes forord.)

Den phylocode vokste ut av en workshop på Harvard University i august 1998, hvor beslutninger ble gjort om omfang og innhold. Mange av workshopdeltakerne, sammen med flere andre som senere ble med i prosjektet, fungerte som en rådgivende gruppe. I april 2000 ble et utkast offentliggjort på nettet, og det ble bedt om kommentarer fra det vitenskapelige samfunnet.

En annen workshop ble holdt ved Yale University i juli 2002, hvor det ble gjort noen endringer i reglene og anbefalingene til PhyloCode . Andre endringer har blitt gjort fra tid til annen også.

Det første internasjonale fylogenetiske nomenklaturmøtet, som fant sted fra 6. juli 2004 til 9. juli 2004 i Paris , Frankrike , deltok av rundt 70 systematiske og evolusjonære biologer fra 11 nasjoner. Dette var den første åpne, flerdagskonferansen som fokuserte utelukkende på fylogenetisk nomenklatur, og den ga stedet for innvielse av en ny forening, International Society for Phylogenetic Nomenclature (ISPN). ISPN -medlemskapet velger Committee on Phylogenetic Nomenclature (CPN), som har overtatt rollen som den rådgivende gruppen som hadde tilsyn med de tidligere stadiene av utviklingen av PhyloCode.

Det andre internasjonale fylogenetiske nomenklaturmøtet fant sted fra 28. juni 2006 til 2. juli 2006 ved Yale University ( New Haven , Connecticut , USA).

Det tredje internasjonale fylogenetiske nomenklaturmøtet fant sted fra 21. juli 2008 til 22. juli 2008 ved Dalhousie University ( Halifax , Nova Scotia , Canada).

PhyloCode trådte i kraft med publiseringen av ledsagevolumet Phylonyms i 2020.

påvirkninger

Det teoretiske grunnlaget for PhyloCode ble utviklet i en serie artikler av de Queiroz og Gauthier , som ble forhåndsskygget av tidligere forslag om at et taksonnavn kunne defineres ved å referere til en del av et fylogenetisk tre .

Når det var mulig, brukte forfatterne av PhyloCode utkastet BioCode , som forsøkte å forene den rangebaserte tilnærmingen til en enkelt kode, som en modell. Dermed er organiseringen av PhyloCode , noe av terminologien og ordlyden til visse regler avledet fra BioCode . Andre regler er avledet fra en eller flere av de rangebaserte kodene, spesielt de botaniske og zoologiske kodene. Imidlertid har mange regler i PhyloCode ingen motpart i noen kode basert på taksonomiske rekker på grunn av grunnleggende forskjeller i definisjonsgrunnlaget for de alternative systemene. Vær oppmerksom på at PhyloCode ikke regulerer navnene på arter, hvis regler for tilgjengelighet, typisering osv. Forblir regulert av den nødvendige tradisjonelle nomenklaturen.

Framtid

Den phylocode er kontroversiell og har inspirert betydelig kritikk fra enkelte taksonomer. Mens det ble innviet for flere tiår siden, er antallet støttespillere for utbredt adopsjon av PhyloCode fortsatt lite, og publiseringen av PhyloCode -litteratur stagnerte på midten av 2010 -tallet. Mens filonymer ble publisert våren 2020, er det fortsatt uklart hvordan koden vil bli implementert og hvor mye den vil bli fulgt. Noen støttespillere mener at det bare bør implementeres, i det minste i begynnelsen, som et sett med regler som følger med den tilhørende registreringsdatabasen, RegNum , og at aksept fra det vitenskapelige samfunnet kan fortsette fra populariseringen av RegNum som et verktøy for å finne kladenavn og definisjoner.

En liste over publiserte kritikker av PhyloCode finnes på ISPNs nettsted , det samme kan en liste over motbevisninger.

Referanser

Litteratur

Eksterne linker