Plasmapper - Plasmapper
| Innhold | |
|---|---|
| Beskrivelse | Plasmid-mapping server |
| Datatyper fanget |
Datainnføring : Plasmidsekvens (FASTA-format); Datautgang : Tekst- og bildekart over plasmid (PNG, JPG og SVG) |
| Ta kontakt med | |
| Forskningssenter | University of Alberta |
| Laboratorium | Dr. David Wishart |
| Primær sitering | PlasMapper: en webserver for tegning og automatisk annotering av plasmidkart. |
| Adgang | |
| nettsted | http://wishart.biology.ualberta.ca/PlasMapper/ |
| Last ned URL | http://wishart.biology.ualberta.ca/PlasMapper/ |
| Diverse | |
| Kurasjonspolitikk | Manuelt kuratert |
PlasMapper (Plasmid Mapper) er en fritt tilgjengelig webserver som automatisk genererer og kommenterer sirkulære plasmidkart av høy kvalitet . Det er en spesielt nyttig online tjeneste for molekylærbiologer som ønsker å lage plasmidkart uten å måtte kjøpe eller vedlikeholde kostbar, kommersiell programvare. PlasMapper aksepterer plasmid / vektor-DNA- sekvens som input ( FASTA-format ) og bruker sekvensmønstermatching og BLAST- sekvensinnretning for automatisk å identifisere og merke vanlige promotorer, terminatorer, kloningssteder, restriksjonssider , reportergener , affinitetsmerker , valgbare markørgener , opprinnelse til replikering og åpne leserammer . PlasMapper reformaterer deretter og presenterer de identifiserte funksjonene i både en enkel tekstform og som høyoppløselig, flerfarget bilde.
Utseendet og innholdet på utdataene kan tilpasses på mange måter ved å bruke en rekke onlinealternativer. PlasMapper-bilder kan gjengis i både rasteriserte ( Portable Network Graphics (PNG) og JPG ) og skalerbar vektorgrafikk ( SVG ) -format for å imøtekomme en rekke brukerbehov eller preferanser. Bildene og tekstutdataene er av tilstrekkelig kvalitet til at de kan brukes direkte i publikasjoner eller presentasjoner.