PubChem - PubChem
Innhold | |
---|---|
Beskrivelse | Kjemikalier og deres bioanalyser |
Datatyper fanget |
dhsh |
Organismer | Mennesker og andre dyr |
Ta kontakt med | |
Forskningssenter | NCBI |
Primær sitering | PMID 15879180 |
Adgang | |
Nettsted | https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ |
Last ned URL | FTP |
Webtjenestens URL | PUG-View |
Diverse | |
Tillatelse | Offentlig domene |
PubChem er en database med kjemiske molekyler og deres aktiviteter mot biologiske analyser . Systemet vedlikeholdes av National Center for Biotechnology Information (NCBI), en komponent av National Library of Medicine , som er en del av United States National Institutes of Health (NIH). PubChem er tilgjengelig gratis via et nettbrukergrensesnitt . Millioner av sammensatte strukturer og beskrivende datasett kan lastes ned fritt via FTP . PubChem inneholder flere stoffbeskrivelser og små molekyler med færre enn 100 atomer og 1000 bindinger. Mer enn 80 databaseleverandører bidrar til den voksende PubChem-databasen.
Databaser
PubChem består av tre dynamisk voksende primære databaser. Per 5. november 2020 (antall BioAssays er uendret):
- Forbindelser, 111 millioner oppføringer (opp fra 94 millioner oppføringer i 2017), inneholder rene og karakteriserte kjemiske forbindelser.
- Stoffer, 293 millioner oppføringer (opp fra 236 i 2017 og 163 millioner oppføringer i september 2014), inneholder også blandinger, ekstrakter , komplekser og ikke-karakteriserte stoffer.
- BioAssay, bioaktivitet er resultater fra 1,25 millioner (opp fra 6000 i september 2014) screeningprogrammer med høy gjennomstrømning med flere millioner verdier.
Søker
Det er mulig å søke i databasene etter et bredt spekter av egenskaper, inkludert kjemisk struktur , navnefragmenter , kjemisk formel , molekylvekt , XLogP , og hydrogenbindingsdonor og akseptortall.
PubChem inneholder sin egen online molekyleditor med SMILES / SMARTS og InChI- støtte som gjør det mulig å importere og eksportere alle vanlige kjemiske filformater for å søke etter strukturer og fragmenter.
Hvert treff gir informasjon om synonymer, kjemiske egenskaper, kjemisk struktur, inkludert SMILES og InChI-strenger, bioaktivitet og lenker til strukturelt relaterte forbindelser og andre NCBI-databaser som PubMed .
I tekstsøkingsskjemaet kan det søkes i databasefeltene ved å legge til feltnavnet i parentes til søkeordet. Et numerisk område er representert med to tall atskilt med et kolon. Søkeord og feltnavn er ikke store og små bokstaver. Parenteser og de logiske operatorene AND, OR og NOT kan brukes. OG antas hvis ingen operatør brukes.
Eksempel ( Lipinskis femte regel ):
0:500[mw] 0:5[hbdc] 0:10[hbac] -5:5[logp]
Historie
PubChem ble utgitt i 2004.
Databasefelt
Identifikasjonsnumre |
||
• | Identifikasjonsnummer i gjeldende database | [UID] |
• | Stoffets identifikasjonsnummer | [SID] |
• | Sammensatt identifikasjonsnummer | [CID] |
• | BioAssay identifikasjonsnummer | [BAID], [AID] |
Generell |
||
• | Ethvert databasefelt | [ALLE] |
• | Kommentar | [CMT] |
• | Avsetningsdato | [DDAT], [DEPDAT] |
• | Depositors eksterne ID | [SRID], [SRCID] |
• | Kildenavn | [SRC], [SRCNAM], [SRCNAME] |
• | Kilde utgivelsesdato | [SRD], [SRDAT], [RLSDAT] |
• | Medisinsk fagoverskrift (MeSH) | [MSHT], [MESHT] |
• | MeSH-treknute | [MSHN], [MESHTN] |
• | MeSH farmakologiske handlinger | [PHMA], [PHARMA] |
Stoffegenskaper |
||
• | Substans synonymer | [SYNO] |
• | IUPAC-navn | [UPAC], [IUPAC] |
• | Internasjonal kjemisk identifikator (InChI) | [INCHI] |
• | Molekylær vekt | [MW], [MWT], [MOLWT] |
• | Kjemiske elementer | [ELMT], [EL] |
• | Atomer som ikke er hydrogen | [HAC], [HACNT] |
• | isotope count | [IAC], [IACNT] |
• | Total formell kostnad | [TFC], [CHG], [CHRG] |
• | Antall kirale atomer | [ACC], [ACCNT] |
• | Definert antall kirale atomer | [ACDC], [ACDCNT] |
• | Udefinert kiralt atomantall | [ACUC], [ACUCNT] |
• | Antall akseptorer av hydrogenbindinger | [HBAC], [HBACNT] |
• | Antall givere av hydrogenbindinger | [HBDC], [HBDCNT] |
• | Tautomer teller | [TC], [TCNT], [TTMC] |
• | Roterbar obligasjonstall | [RBC], [RBCNT] |
• | XLogP | [XLGP], [LOGP] |
Sammensatte egenskaper |
||
• | Sammensatte synonymer | [CSYN], [CSYNO] |
• | Komponenttelling | [CC], [CCNT] |
• | Kovalent antall enheter (molekyl) | [CUC], [CUCNT] |
• | Totalt antall bioaktiviteter | [TAC] |
Se også
-
Kjemisk database
- CAS Common Chemistry - drevet av American Chemical Society
- Comparative Toxicogenomics Database - drevet av North Carolina State University
- ChEMBL - drevet av European Bioinformatics Institute
- ChemSpider - drevet av Storbritannias Royal Society of Chemistry
- DrugBank - drevet av University of Alberta
- IUPAC - drevet av sveitsisk basert International Union of Pure and Applied Chemistry (IUPAC)
- Smeltbar - drevet av Indias nasjonale kjemiske laboratorium
- PubChem - drevet av National Institute of Health, USA
- BindingDB - drevet av University of California, San Diego
- SCRIPDB - drevet av University of Toronto, Canada
- National Center for Biotechnology Information (NCBI) - drevet av National Institute of Health, USA
- Entrez - drevet av National Institute of Health, USA
- GenBank - drevet av National Institute of Health, USA
Referanser
Eksterne linker
Scholia har en profil for PubChem (Q278487) . |