TreeBASE - TreeBASE

TreeBASE er et depot av fylogenetiske data publisert i vitenskapelige tidsskrifter . I fylogenetiske studier blir forskningsdata samlet inn eller generert, for eksempel sammenlignende observasjoner (f.eks. Karaktertilstandsmatriser eller flere sekvensjusteringer ) laget på et sett med taxa , metadata om disse taxaene, og de fylogenetiske trærne som utledes for å best beskrive de evolusjonsrelasjoner. mellom taxaene.

Oppdrag

Hensikten med TreeBASE-prosjektet er å gi stabile poster og identifikatorer for disse dataene, slik at andre arbeidere kan henvise til deres deponerte data i publiseringen, og andre forskere kan finne dataene og bruke dem til å verifisere den opprinnelige forskningen eller for å inkludere eller utvide dem i videre analyser.

Historie og finansiering

Prosjektet ble startet i 1994, med finansiering fra US National Science Foundation . Etter denne prototypen ble en ny design igangsatt under CIPRES-prosjektet. Denne nye versjonen ble utgitt i mars 2010 og har blitt støttet av blant annet pPOD-prosjektet, som finansierte tillegg til et RESTful webtjenestegrensesnitt med CQL- søkefasiliteter , og National Evolutionary Synthesis Center (NESCent), som er vert for databasen og Internett server.

Fra vinteren 2010 ble TreeBASE omorganisert og ble tilknyttet Phyloinformatics Research Foundation

referanser