Beggiatoa -Beggiatoa
| Beggiatoa | |
|---|---|
|
|
| Vitenskapelig klassifisering | |
| Domene: | |
| Filum: | |
| Klasse: | |
| Rekkefølge: | |
| Familie: | |
| Slekt: |
Beggiatoa
Trevisan 1842
|
| Arter | |
Beggiatoa er en slekt av Gammaproteobacteria som tilhører rekkefølgen Thiotrichales , i Proteobacteria phylum. Denne slekten var en av de første bakteriene som ble oppdaget av den russiske botanikeren Sergei Winogradsky . Under sin forskning i Anton de Bary laboratorium av Fors i 1887, fant han at Beggiatoa oksyderes hydrogensulfid (H 2 S) som energikilde, og danner intracellulære svoveldråper, oksygen er terminal elektronakseptor og CO 2 anvendes som karbonkilde . Winogradsky kalte det til ære for den italienske legen og botanikeren Francesco Secondo Beggiato . Winogradsky omtalte denne formen for metabolisme som "inorgoksidasjon" (oksidasjon av uorganiske forbindelser), i dag kalt kjemolitotrofi . Disse organismer lever i svovelrike miljøer som jord, både marine og ferskvann, i dypvanns hydrotermiske ventilasjonsåpninger og i forurensede marine miljøer. Funnet representerte den første oppdagelsen av litotrofi . To arter av Beggiatoa er formelt beskrevet: typen Arten Beggiatoa alba og Beggiatoa leptomitoformis , den sistnevnte ble først publisert i 2017. Denne fargeløse og filamentøse bakterien, noen ganger i forbindelse med andre svovelbakterier (for eksempel slekten Thiothrix ), kan være arrangert i biofilm synlig med det blotte øye dannet av en veldig lang hvit trådformet mate, den hvite fargen skyldes det lagrede svovelet. Arter av Beggiatoa har celler opp til 200 µ i diameter, og de er en av de største prokaryotene på jorden.
Taksonomi
Slektene Beggiatoa er en rolig mangfoldig gruppe som den har representanter opptar flere habitater og nisjer, både i fersk- og saltvann. Tidligere har de blitt forvirret som nære slektninger til Oscillatoria spp. ( Cyanobakterier ) for morfologi og motilitetstegn, men 5S rRNA-analyse viste at medlemmer av Beggiatoa er fylogenetisk fjernt fra Cyanobakterier som medlemmer av Gammaproteobacteria phylum.
Evnen til å oksidere sulfid og lagre svovel er hovedtrekkene som skiller Beggiatoa -bakterier fra den nært beslektede Vorticella . En annen avgjørende egenskap er muligheten til å lagre nitrat inne i vakuolene til de brede marine artens celler. 16S rRNA -sekvenser basestudier konkluderte med at denne egenskapen deles mellom medlemmer av en monofyletisk klade som er nestet i Beggiatoa -slektene ; denne kladen inkluderer også medlemmer av Thioploca og Thiomargarita , som begge bare viser små forskjeller med Beggiatoas: mens førstnevnte vokser med en felles slimskede, har sistnevnte ikke bevart filamentøs vekst og danner kjeder av avrundede celler. Siden den fylogene historien ikke gjenspeiler nomenklaturen, er det behov for en ny betegnelse for slekter og arter . Neo-typen er B18LB og den avgjorde kriteriene for identifisering av ferskvannsarten Beggiatoa alba .
I følge NCBI -databasen er det bare to arter av Beggiatoa spp. har blitt gyldig publisert: Beggiatoa alba og Beggiatoa leptomitoformis .
Genetisk
På grunn av mangelen på ren kultur , er lite kjent om genetikken til Beggiatoa . Beggiatoa alba viser et GC -innhold mellom 40 og 42,7 mol%, tilstedeværelsen av to eller tre lignende plasmider og genomstørrelsen til Beggiatoa alba -stammen B18LD resulterer i omtrent 3 megabase (Mb). En viktig studie om det genomiske av Beggiatoa analyserte sekvensene hentet fra to enkeltfilamenter av en vakuolert stamme. Optisk kartlegging viste at genomstørrelsen var omtrent 7,4 Mb og sekvensanalysene oppdaget veier for svoveloksidasjon, nitrat og oksygenånding og CO 2 -fiksering, noe som bekrefter den kjemolitoautotrofiske fysiologien til Beggiatoa . Videre, sammen genomics indikerer horisontal genoverføring mellom Beggiatoa og cyanobakterier av lagring, metabolske, og gliding evner.
Morfologi og motilitet
Ved observasjon av deres morfologiske egenskaper, Beggiatoa spp. kan deles inn i tre kategorier:
- Ferskvannstammer, preget av smale filamenter uten vakuoler ;
- Å begrense marine stammer, uten vakuoler (filamenter diameter på ca. 4,4 mm);
- Større marine stammer, med vakuoler for lagring av nitrat (filamentdiameter varierer mellom 5 til 140 um)
Selvfølgelig er denne klassifiseringen rent ideell, så noen unntak kan eksistere. Smale filamenter består vanligvis av sylindriske celler som har en lengde på omtrent 1,5 til 8 ganger tykkelsen; bredere filamenter er i stedet skiveformede med cellelengder fra 0,10 til 0,90 ganger cellebredden. I alle de dyrkede stammene fremstår de endelige cellene i filamentene som avrundede. Selv om de er gramnegative bakterier , viser Beggiatoa uvanlig cellevegg- og membranorganisasjon . Noen ganger er det ytterligere membraner som dekker peptidoglycan-laget, og antallet av disse avhengige membranene er veldig variabelt. Deres tilstedeværelse skyldes kanskje de tøffe forholdene som noen av disse organismene lever i. Selv de intracellulære granulatene kan dekkes av strukturer av ekstra membraner. Ved siden av svovelkornene viser cellene ofte tilstedeværelsen av lignende lagrede granuler av polyhydroksybutyrat og polyfosfat . Svært vanlig i store marine vakuolerte Beggiatoa er hulstrukturerte filamenter, sammensatt av celler med en smal cytoplasma som omgir en stor sentral vakuol, utnyttet for nitratlagring.
Filamentene beveger seg ved å gli, og denne bevegelsen er sannsynligvis koblet til strenglignende strukturer i den ytre membranen og transpeptidoglykanalene . Noen ganger kan filamentene også bryte gjennom dannelsen av necridia-celler i midten av filamentet. Filamentets bevegelighet er svært viktig for bakterienes tilpasningsevne, fordi det gjør det mulig å bevege seg på mer passende forhold for den cellulære metabolismen . Hoveddriverne som styrer bevegelsen av Beggiatoa filamenter er høy oksygen og sulfid nivåer og lyseksponering, fra hvilke filamentene beveger seg bort.
Cellevekst
Beggiatoa -reproduserende strategi er fragmentering . Veksten til en koloni som fører til matteutvikling, oppnås ved vekslende filamentforlengelse og brudd. Brudd kan skje hovedsakelig i midten av et strukket filament, på spissen av en glødetrådsløyfe eller der en spiss av en løkke en gang ble plassert. Tilstedeværelsen av offerceller er grunnleggende da de avbryter kommunikasjonen mellom to deler av ett filament; på denne måten kan hver seksjon endre sin gliretning som forårsaker splittelsen.
Den gjennomsnittlige filamentlengden oppnådd gjennom denne prosessen er også et resultat av gen-miljø-interaksjoner, for eksempel er veksten og posisjonen til filamentet funksjon av vertikale gradienter av oksygen og sulfid. Derfor foreslås det at gode miljøforhold paradoksalt nok vil forårsake celledød for å forbedre filamentbrudd, og dermed reproduksjon.
Metabolisme
Beggiatoa- gruppen består hovedsakelig av kjemolitotrofiske , sulfidoksiderende bakterier. Imidlertid er rekkevidden av mulige metabolske veier veldig diversifisert, alt fra heterotrofi til kjemolitoautotrofi . På grunn av denne enorme variasjonen kan de forskjellige bakteriene i denne slekten avvike sterkt fra hverandre.
Kullmetabolisme
I Beggiatoa -gruppen er både autotrofiske og heterotrofiske metabolisme tilstede . Autotrofe Beggiatoa gjennomføre den CO to fiksering gjennom Calvin syklusen og ansettelse av RUBISCO enzymet. Sistnevnte viser forskjellige reguleringsnivåer i obligatoriske og fakultative autotrofer. For eksempel kan RuBisCO i den obligatorisk autotrofe stammen MS-81-1c ikke undertrykkes, mens den i fakultativt autotrofiske stammen MS-81-6 er tett regulert for å bytte fra autotrof til heterotrof vekst og omvendt. Ved siden av de autotrofe stammer, det meste av ferskvann Beggiatoa stammer er heterotrofe, krever organiske substrater for vekst. Spesielt kan mange av dem betraktes som mixotrofer , fordi de vokser heterotrofisk, oksiderer organiske forbindelser, men de kan også bruke sulfid eller andre reduserte svovelforbindelser som elektrondonorer. Ved denne strategien lagres de organiske karbonskjelettene med det formål å øke biomassen, og CO 2 autotrof fiksering er ikke nødvendig. Mixotrofi har blitt mistenkt for å være den trofiske modaliteten for mange ferskvannsstammer, men den har bare blitt funnet i en marin stamme av Beggiatoa , MS-81-6. Også en metabolsk vei for bruk av C-1-forbindelser har blitt avslørt i Beggiatoa leptomitoformis stamme D-402, gjennom omfattende analyse av dens genomiske, bokjemiske, fysiologiske og molekylære biologi.
Nitrogenmetabolisme
Beggiatoa -gruppen viser betydelig allsidighet i bruk av nitrogenforbindelser. Nitrogen kan være en kilde til vekst, eller i tilfelle nitrat kan det være en elektronakseptor for anaerob respirasjon . Heterotrofisk ferskvann Beggiatoa spp. assimilere nitrogen for vekst. Nitrogenkilder inkluderer nitrat , nitritt , ammoniakk , aminosyrer , urea , aspartat , asparagin , alanin og tiourea , avhengig av spesifikke stammers evne.
Autotrofe vacuolated Beggiatoa er i stand til å lagre nitrat i deres hulrom, 20.000 ganger konsentrasjonen av det omgivende sjøvann, og bruke det som terminal elektronakseptor i anoksiske betingelser. Denne prosessen, kalt Dissimilatory Nitrate Reduction to Ammonium (DNRA), reduserer nitrat til ammonium. Evnen til å bruke nitrat som elektronakseptor tillater kolonisering av anoksiske miljøer, for eksempel mikrobielle matter og sedimenter. Flere arter er i stand til å fikse nitrogen ved hjelp av nitrogenaseenzym (f.eks. Beggiatoa alba ).
Svovelmetabolisme
En av de viktigste egenskapene til slekten Beggiatoa er produksjon av intracellulære inneslutninger av svovel som følge av oksidasjon av reduserte svovelkilder (f.eks. Hydrogensulfid ). I autotrofisk Beggiatoa er sulfid en energikilde og elektroner for karbonfiksering og vekst. Oksidasjonen av sulfid kan være aerob eller anaerob , faktisk kan den kobles til reduksjon av oksygen eller med reduksjon av nitrat . Svovel produsert ved oksidasjon av sulfid lagres i indre kuler og kan brukes når konsentrasjonen av sulfid synker. Dermed øker midlertidig lagring av elementært svovel tilpasningsevnen til en organisme og dens toleranse for endringer i konsentrasjonene av sulfid og oksygen.
Sulfid aerob oksidasjon:
Sulfid anaerob oksidasjon:
Det er også noen tilfeller av kjemoorganotrofi . For eksempel er stammen Beggiatoa sp. 35Flor gjør vanligvis en aerob respirasjon kombinert med oksidasjon av sulfid, men i anoksisk tilstand aktiveres en annen type respirasjon. Energien oppnås kjemoorganotrofisk ved oksidasjon av PHA ( polyhydroksyalkanoater ), organiske forbindelser som tidligere er syntetisert gjennom CO 2 -fiksering under kjemolitotrof vekst på oksygen og sulfid. I dette tilfellet er elektronakseptoren svovelet lagret i cellen, så sluttproduktet er hydrogensulfid.
Anaerob åndedrett:
Hydrogenmetabolisme
Stammen Beggiatoa sp. 35Flor kan bruke hydrogen som alternativ elektrondonor til sulfid. Denne oksidasjonsprosessen kan gi energi til vedlikehold og assimilerende formål og er nyttig for å redusere lagret svovel når det blir overdreven, men det kan ikke gi vekst til stammen.
Hydrogenoksidasjon:
Fosformetabolisme
Beggiatoas metabolisme inkluderer bruk av fosfor i polyfosfatformen . Reguleringen av denne metabolismen er avhengig av miljøforholdene. Oksygenerte omgivelser forårsaker en opphopning av polyfosfat, mens anoksi (kombinert med en økende konsentrasjon av sulfid) gir en nedbrytning av polyfosfat og dets påfølgende frigjøring fra cellene. Det frigjorte fosfatet kan deretter deponeres som fosforittmineraler i sedimentene eller forbli oppløst i vannet.
Økologi
Filamenter har blitt observert for å danne tette matter på sedimenter i et veldig stort utvalg av miljøer. De fremstår som et hvitaktig lag, og siden de er tilstede og blomstrer i marine miljøer som har vært utsatt for forurensning , kan de betraktes som en indikatorart . Beggiatoa og andre beslektede filamentbakterier kan forårsake sedimenteringsproblemer i kloakkrenseanlegg, industrielle avfallslaguner i hermetikk, papirmasse, brygging, fresing og forårsake fenomenet "bulking". Beggiatoa er også i stand til å avgifte hydrogensulfid i jord og ha en rolle i immobilisering av tungmetaller.
Beggiatoa lever ved det oksiske/anoksiske grensesnittet, hvor de drar fordel av tilstedeværelsen av både hydrogensulfid og oksygen. De kjemolitoautotrofiske stammene til Beggiatoa regnes også som viktige primærprodusenter i mørke omgivelser.
Habitat
Det utrolige antallet tilpasninger og metabolisme av denne bakterieslekten er konsekvenser av den ekstraordinære miljøvariabiliteten de kan leve i. Beggiatoa er nesten bentisk, den finnes i marine ( Beggiatoa sp . MS-81-6 og MS-81-1c ) eller ferskvannsmiljøer ( Beggiatoa alba ), og de trenger bare sulfid eller tiosulfid som elektrondonor og en oksydator. De kan vanligvis finnes i habitater som har høye nivåer av hydrogensulfid, disse miljøene inkluderer kaldt siver , svovelkilder , kloakkforurenset vann, gjørmelag av innsjøer og nær dype hydrotermiske ventilasjoner . Beggiatoa finnes også i rhizosfæren i sumpplanter, i jord, marine sedimenter og i mangrove -lagunen (der de bidrar til lipidbassenget i sedimentene). Ferskvannsartene har typiske habitater i svovelkilder, grøfter, sølepytter, våtmarker, innsjøsedimenter og i risfelt, hvor det kan vokse assosiert med risplantenes røtter. Den Beggiatoa som lever i sjøvann kan bli funnet i områder hvor deres energikilde (sulfid eller thiosulfide) er tilgjengelig. Det kan ekstraheres fra både uorganisk eller organisk kilde, og vanligvis er det kombinert med mikrooksisk tilstand, derfor svært lav konsentrasjon av oksygen. Denne slekt av Gammaprotobacteria er også vanlig i localizated område av anaerob nedbrytning som hvalskrott på havdypet havbunnen.
Vakuolert Beggiatoa kan være svært vanlig i kystnære oppstrømsregioner (for eksempel kysten av Peru og Chile ), hydrotermiske ventiler i dype hav og kalde ventiler ; i disse miljøene kan flockmattene (hårlignende bryst) vokse opp og dekke store områder og nå en høyde på 30 cm. I dype hav kan hydrotermiske ventiler og kaldt siver Beggiatoa vokse i filamenter som kan være opptil 200 mikrometer i diameter, noe som gjør disse til de største prokaryotene som er kjent for tiden. Vakuolert Beggiatoa finnes også i hypoksisk havbunn, hvor filamentene kan leve inne i sedimentene på få cm dyp (fra 2 til 4 cm); i samme tilfeller kan Beggiatoa bakteriefilamenter være den mest utbredte delen av den mikrobielle biomassen i sedimentene.
Beggiatoa finnes også i saltmyrer , saltvann og geotermisk aktive undersjøiske grotter. Noen undersøkelser om disse miljøene har blitt utført i undersjøiske huler av dolomittisert kalkstein i Capo Palinuro , Salerno , ( Italia ). Her er det hydrotermiske sulfidiske kilder og mikrobiell biofilm er forbundet med strømmen av hydrotermiske væsker, hvis aktivitet er intermitterende og starter under lavvann. Matter funnet i hulene ble sammensatt av filamenter som stort sett lignet Beggiatoa , Thiothrix og Flexibacter , og disse Beggiatoa-lignende filamentene var morfologisk nær de som ble festet til bergarter og byllene til blåskjellene fra Lucky Strike Hydrothermal ventiler på Midtatlanten Ridge .
Interaksjoner med andre organismer
Ofte kan mikroorganismer av slekten Beggiatoa danne komplekse mikrobielle matter , der de lever i forbindelse med mange andre filamentøse bakterier, for eksempel cyanobakterier . Sistnevnte opptar vanligvis overflatelaget på matten, og i løpet av dagen produserer de en stor mengde oksygen, avledet fra den fotosyntetiske aktiviteten. Omvendt vokser Beggiatoa langs et oksisk / anoksisk (oksygen / sulfid) grensesnitt, under fototrofene , hvor de produserer hvite flekker. Men under mørk akklimatisering, ble matten anoksisk, slik at Beggiatoa beveget med mattens overflate, for å unngå de høye nivåer av H 2 S og forblir ved oksygen / sulfid-grensesnitt, mens cyanobakterier holdt i et tett lag nedenfor. Noen ganger er Beggiatoa -matter beriket av tilstedeværelsen av kiselalger og grønne euglenoider også, men det er også funnet protister som ciliater og dinoflagellater assosiert med matter på Guaymas Basin hydrotermiske ventilasjonsøkosystem og de bruker sannsynligvis en stor mengde bakteriell biomasse.
Siden mikrobielle matter kan nå 3 cm i bredden, kan de representere en matkilde for mange beiter. Denne trofiske forbindelsen har blitt observert i mangrovesystemer , hvor Beggiatoa dekker en del av marine sedimenter. Det har blitt observert at disse bakteriene gir et viktig bidrag til meiofaunas diett, spesielt rotiferer , polychaeter , nematoder og noen grupper av platyhelminthes , aschelminths og gnathostomulids . Det er funnet et bemerkelsesverdig forhold mellom nematoder og Beggiatoa . Faktisk ser nematoder ut til å favorisere utvikling av Beggiatoa -matter, gjennom økning av oksygeninntrengning og næringsdiffusjon i matten.
Videre ser det ut til at mange kadaver dekkes av matter av Beggiatoa -lignende filamentbakterier som ligger over anaerobe sulfatreduserende bakterier . De trekker mange metazoans fjernende midler , men når de skal bryte matten, det frigjør hydrogensulfid at drive bort utvaskerne. Derfor kan Beggiatoa også betraktes som et kadaverforsvar fra åtsende .
Roll i biogeokjemiske sykluser
Flere arter av hvite svovelbakterier i familien Beggiatoaceae er i stand til å akkumulere og transportere NO 3 - , hentet fra grunne kystsedimenter som er grunnleggende i metabolismen, samt akkumulere det i filamenter. Reduksjon av NO 3 - til ammonium innebærer oksydasjon av H 2 S (bortsett fra geotermiske åpninger, sulfid skriver seg fra den underliggende anaerobe sediment hvori dissimilatory sulfatreduksjon finner sted): Denne reduksjon fører til dannelse av suboxic soner i positiv redox potensial og bare sporkonsentrasjoner av fri H 2 S i marint miljø, er nærværet av disse artene viktig fordi de har en fundamental rolle i regulering av mengden av H 2 S og NR 3 - :
- På den ene side reguleringen av fri H- 2 er grunnleggende fordi sulfid-utarmet overflatesedimenter er essensielle for overlevelsen av S-konsentrasjonen i marine sedimenter bunn infauna, faktisk sulfid er svært giftig for bunnfauna og andre organismer som lever i sedimentet;
- På den annen side er NO 3 - reduksjon viktig for kontroll av eutrofiering i nitrogenbegrensede kystvann.
Beggiatoa kan også akkumulere fosfor som polyfosfat, og det frigjør deretter fosfat under anoksiske forhold. Dette kan øke tilgjengeligheten av fosfor for primærprodusenter hvis fosfatet slippes ut fra sedimentet til vannsøylen. Noen studier om fosfor -sykling og frigjøring av fosfor knyttet til Beggiatoa er blitt realisert i Østersjøen . Disse studiene viste at reduksjonen av sulfid av disse bakteriene kan redusere graden av jernsulfiddannelse i sedimentene, og dermed øke fosforretensjonskapasiteten til sedimentet.
Dyrking
Selektive berikelser
De mest vellykkede berikelsene for Beggiatoa spp. har blitt laget ved hjelp av en grunne panne eller et akvarium der det er tilsatt noen få centimeter sand, forskjellig mengde CaSO 4 og K 2 HPO 4 , en kilde til komplekse organiske polymerer som tang , flere centimeter sulfidrikt marine gjørme og sjøvann. Anrikningen må inneholde det riktige sulfid-oksygen-grensesnittet som bare kan være mulig hvis luft tilføres, for eksempel ved en langsom jevn strøm av ferskluftet sjøvann. En annen type berikelse assosiert med Beggiatoa spp . er basert på bruk av ekstrahert tørket gress eller høy i et mineralmedium fordi de komplekse polymerene som cellulosarester i materialet gir sulfatreduksjon. Dette gir også hydrogensulfid som er nødvendig for å berike for Beggiatoa .
Ren kulturisolasjon
Det er tre forskjellige mulige teknikker for å oppnå isolerte Beggiatoa -stammer i ren kultur:
- Isolasjon på agarplater
- Isolasjon ved bruk av flytende medier
- Isolasjon og dyrking i gradientmedier
Isolasjon på agarplater
Prosedyren som gjør det mulig å oppnå isolert heterotrof stamme krever en agarplate som inneholder fortynnet organisk substrat, for eksempel en liten mengde pepton. Deretter er det nødvendig å samle tuer av Beggiatoa -filamenter fra miljøet, vaske dem med steril vaskeløsning og plassere dem på agarplaten. På denne måten vil det være noen voksende filamenter som beveger seg bort fra det sentrale inokulum som kan brukes som inokulum for en ny agarplate. For isolering av marine Beggiatoa- stammer (som viser autotrofisk vekst), siden de er obligatoriske mikroæreofiler, er det avgjørende å gi mikro-oksiske forhold og å bruke spesielle agarplater laget av filtrert sjøvann supplert med natriumsulfid og natriumacetat. Tvert imot, er det for ferskvann stammer isolasjon er nødvendig for å opptre under oksiske betingelser (luftatmosfære) ved hjelp av en rekke medier inneholdende en lav konsentrasjon av enkelt organisk forbindelse, slik som acetat, Na- 2- S eller tiosulfat .
Isolasjon ved bruk av flytende medier
Flytende medier brukes ofte til berikelse, MPN -oppregning og bulkdyrking av Beggiatoa . For å få en vellykket dyrking av heterotrofisk eller mixotrofisk ferskvann Beggiatoa , må flytende medier inneholde små mengder karbonsubstrat , enten jordekstrakter eller acetat. Typearten og stammen ( Beggiatoa alba str. B18LD) og beslektede stammer dyrkes vanligvis i medier som inkluderer en saltbase, acetat som karbonkilde og variabelt gjærekstrakt og sulfidtilsetninger. Noen marine autotrofe Beggiatoa- stammer er også blitt dyrket på definert flytende mineralmedium med tiosulfat, CO 2 , mikro-oksiske forhold under lufting med 0,25% O 2 (v/v) i gassfasen.
Isolasjon og dyrking i gradientmedier
Autotrofe stammer som kommer fra en enkelt filamentisolasjon på agar kan enkelt opprettholdes og forplantes i sulfidgradientrør der sulfidrike agarplugger er overlagt med sulfidfri myk agar. Karene er løst lukket for å tillate utveksling av gasser i luften med atmosfæren. Som et resultat dannes to motsatte lag, et som inneholder sulfid mens det andre oksygen: dette tillater vekst av et veldefinert Beggiatoa- lag ved sulfid-oksygengrensesnittet. Gradienten medium konstruksjonen krever forskjellige mengder av J3-medium (laget av agar og NaHCO 3 ) supplert med nøytralisert Na 2 S plassert i en skruelukket rør. Her tilveiebringes svovelkilden av sulfidstrømmen. Et annet `` lag '' er laget av NaHCO 3 uten sulfid eller tiosulfat: alt sulfid vil være under grensesnittet mellom den sulfidiske agarpluggen og den sulfidfrie overleggsagaren mens det vil være et annet lag i toppen av røret som representerer oksygenreservoaret. Den begynner å danne en gradientform på grunn av reaksjonen mellom sulfid og oksygen: som et resultat formerer filamentene seg raskt ved sulfid-oksygen-grensesnittet og danner et markert lag eller en "plate" på 1 mm, men det er også mulig å forstå at disse bakterier kan spore grensesnittet og sakte synke ned på grunn av den gradvise tømmingen av sulfidreservoaret.