Chlamydophila - Chlamydophila
| Chlamydophila | |
|---|---|
|
|
| Chlamydophila psittaci | |
| Vitenskapelig klassifisering | |
| Domene: | |
| Filum: | |
| Klasse: | |
| Rekkefølge: | |
| Familie: | |
| Slekt: |
Chlamydophila
|
| Arter | |
|
|
Chlamydophila er en kontroversiell bakterielle genus tilhører familien Chlamydiaceae , orden Chlamydiales , klasse / phylum Chlamydia .
Taksonomi
Alle Chlamydiae er anaerobe bakterier med en bifasisk utviklingslivssyklus som er avhengig av obligatorisk intracellulær vekst i eukaryote vertsceller.
Chlamydophila ble anerkjent av en rekke forskere i 1999, med seks arter i Chlamydophila og tre i den opprinnelige slekten, Chlamydia . Dette ble umiddelbart sett på som kontroversielt. I 2015 ble Chlamydophila -artene omklassifisert som Chlamydia . Historien om klassifisering og omklassifisering er som følger.
Tidligere kriterier for differensiering av klamydialarter fungerte ikke alltid godt. På den tiden ble for eksempel slekten C. psittaci skilt fra C. trachomatis ved sulfadiazinresistens , selv om ikke alle stammer identifisert som C. psittaci på den tiden var resistente, og C. pneumoniae ble klassifisert ved utseendet under elektronmikroskopi (EM) og dens evne til å infisere mennesker, selv om EM -utseendet kan variere fra en forskningsgruppe til den neste, og mange av disse artene infiserte mennesker.
Den systematiske taksonomien som ble etablert for Chlamydiae i 1999 brukte DNA-DNA-assosiasjon , 16S og 23S ribosomalt RNA -genlikhet , sekvenslikhetsklynging av proteinkodende gener og genomstørrelse som kriterier for klassifisering. Understøttende kriterier som antigen -deteksjon, glykogenfarging , vertsforening og EM -morfologi ble også brukt, avhengig av anvendelighet og tilgjengelighet.
Sammenlignende genomiske analyser i 2006 identifiserte en rekke signaturproteiner som var unikt tilstede i arter fra slektene Chlamydia og Chlamydophila , som støttet særpreget til Chlamydophila . Dette synet ble utfordret tre år senere av nyere teknikker for hele genomanalyser som førte til et forslag om å "gjenforene Chlamydiaceae til en enkelt slekt, Chlamydia ". I 2010 -årene ble denne omklassifiseringen "ikke helt akseptert eller vedtatt" blant mikrobiologer, noe som "resulterte i en tilbakeføring til den originale slekten Chlamydia , som nå omfatter alle de 9 artene, inkludert Chlamydia psittaci ." Fra 2013 ble Chlamydophila fremdeles nevnt i noen databaser, men kontroversiell. Sammenslåingen av slekten Chlamydophila tilbake til slekten Chlamydia er nå allment akseptert.
Chlamydophila differensiering
Ifølge forfatterne av studien fra 1999 er gjennomsnittlig DNA-DNA-assosiasjonsforskjell som skiller Chlamydophila fra Chlamydia 10,1%, en akseptert verdi for slektsseparasjon . Selv om 16S -ribosomale RNA -gensekvensene til de to er nær 95% identiske, i motsetning til de andre tidligere etablerte slektene, betraktet forfatterne en mindre enn 95% likhet bare som en retningslinje for etablering av nye slekter i klamydialfamilier. I studien brukte forfatterne likheten mellom kodingsstedene for protein- og ribosomale RNA -gener i genomet (genklynger) for å skille Chlamydophila fra Chlamydia . Dessuten var 23S ribosomale RNA- gener i full lengde av arten av de to slektene mindre enn 95% identiske.
| Slekt | Omtrentlig genomstørrelse (millioner DNA -basepar) | Påviselig glykogen | Antall ribosomale operoner |
|---|---|---|---|
| Chlamydophila | 1.2 | Nei | 1 |
| Klamydia | 1.0 | Ja | 2 |
Arter
Sondringer som EM-morfologi, antibiotikaresistens og ekstrakromosomalt plasmid er vanligvis artsspesifikke egenskaper.
Arter i Chlamydophila inkluderer:
- Chlamydophila pneumoniae
- Chlamydophila pecorum
- Chlamydophila felis
- Chlamydophila psittaci
- Chlamydophila abortus
- Chlamydophila caviae
Referanser
Eksterne linker
- Chlamydophila genomer og relatert informasjon hos PATRIC , et bioinformatikk ressurssenter finansiert av NIAID
- Taksonomisk oversikt over prokaryotene, Bergeys manual for systematisk bakteriologi, andre utgave, versjon 1.0, april c. [1]