Eco RV - EcoRV
| Restriksjon endonuklease EcoRV | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 EcoRV-krystallstruktur kompleksert med dobbeltstrenget DNA
| |||||||||
| Identifikatorer | |||||||||
| Symbol | Endonuc-EcoRV | ||||||||
| Pfam | PF09233 | ||||||||
| InterPro | IPR015314 | ||||||||
| SCOP2 | 1sx5 / SCOPe / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
Eco RV (uttales "eco R fem") er en type II restriksjon -endonuklease isoleres fra visse stammer av Escherichia coli . Den har det alternative navnet Eco32I.
I molekylærbiologi er det et vanlig brukt restriksjonsenzym . Det skaper stumpe ender . Enzymet gjenkjenner den palindromiske 6-baserte DNA-sekvensen 5'-GAT | ATC-3 'og gjør en sløv ende ved den vertikale linjen.
The complementary sequence is then 3'-CTA|TAG-5'. The ends are blunt and can be ligated into a blunt cloning site easily but with lower efficiency than sticky ends.
Struktur
Strukturen til dette enzymet, og flere mutanter, i kompleks med DNA-sekvensen som det kutter er løst ved røntgenkrystallografi .
Kjernen i enzymet består av et fem-strenget blandet β-ark flankert av a-helixer. Kjernen er konservert i alle andre type II restriksjonsendonukleaser. Den har også et N-terminalt dimeriserings-subdomene dannet av en kort α-helix, et to-strenget antiparallelt ark og et langt α-helix. Dette underdomenet finnes bare i EcoRV og PvuII.
Handlingsmåte
I likhet med EcoRI danner EcoRV en homodimer i oppløsning før binding og virkning på dens gjenkjenningssekvens . I utgangspunktet binder enzymet seg svakt til et uspesifikt sted på DNA. Det går tilfeldig langs molekylet til det spesifikke gjenkjenningsstedet er funnet. EcoRV har en høy spesifisitet for sin mål -DNA -sekvens.
Binding av enzymet induserer en konformasjonsendring i DNA og bøyer det med omtrent 50 °. DNA -bøyning resulterer i at stabelen av basene, utvidelsen av det mindre sporet og komprimering av det store sporet. Dette bringer fosfodiesterbindingen til å brytes nærmere enzymets aktive sted, hvor det kan spaltes. Spaltning skjer innenfor gjenkjenningssekvensen, og krever ikke ATP -hydrolyse.
EcoRV er den eneste type II restriksjons -endonuklease kjent for å forårsake et hovedprotein-indusert konformasjonsforandring i DNA.
Bruker
EcoRV brukes ofte til å skjære opp en plasmidvektor for å sette inn et gen av interesse under genkloning . Enzymet er levert av mange produsenter og krever at bovint serumalbumin fungerer som det skal.
Se også
- EcoRI , et annet nukleaseenzym fra E. coli .
- EcoRII , et annet nukleaseenzym fra E. coli .
- FokI , et nukleaseenzym fra Flavobacterium okeanokoites
