PDBsum - PDBsum
 | |
|---|---|
| Innhold | |
| Beskrivelse | Oversikt over strukturene i Protein Data Bank. |
| Datatyper fanget |
Proteinstrukturer |
| Organismer | alle |
| Ta kontakt med | |
| Forskningssenter | European Bioinformatics Institute (EBI) |
| Forfattere | Roman Laskowski & al. (1997) |
| Primær sitering | PMID 9433130 |
| Adgang | |
| Nettsted | www |
| Diverse | |
| Bokmerkbare enheter |
ja |
PDBsum er en database som gir en oversikt over innholdet i hver 3D makromolekylære struktur som er avsatt i Protein Data Bank . Den opprinnelige versjonen av databasen ble utviklet rundt 1995 av Roman Laskowski og samarbeidspartnere ved University College London . Fra og med 2014 vedlikeholdes PDBsum av Laskowski og samarbeidspartnere i laboratoriet til Janet Thornton ved European Bioinformatics Institute (EBI).
Hver struktur i PDBsum databasen inneholder et bilde av struktur (hovedvinduet, nedenfra og rett syn), molekylære komponentene i komplekset (struktur), enzymreaksjon diagram hvis det passer, Gene ontology funksjonelle oppgaver, en 1D sekvens anmerket av Pfam og InterPro- domenetildelinger, beskrivelse av bundne molekyler og grafikk som viser interaksjoner mellom protein og sekundær struktur, skjematiske diagrammer av protein-protein-interaksjoner , analyse av spalter som finnes i strukturen og lenker til eksterne databaser. Den RasMol og pmol molekylær grafikk programvare blir brukt til å tilveiebringe en 3D-visning av molekyler og deres vekselvirkninger innenfor PDBsum.
Siden lanseringen av 1000 Genomes Project i oktober 2012 har alle enkeltaminosyrevarianter som er identifisert av prosjektet, blitt kartlagt til de tilsvarende proteinsekvensene i Protein Data Bank. Disse variantene vises også i PDBsum, krysshenvist til den relevante UniProt- identifikatoren. PDBsum inneholder et antall proteinstrukturer som kan være av interesse for strukturbasert medikamentdesign . Én gren av PDBsum, kjent som DrugPort, fokuserer på disse modellene og er knyttet til DrugBank- legemiddeldatabasen.
Se også
Referanser
Eksterne linker
- Laskowski RA, Thornton JM. "Hjemmeside for PDBsum" . European Bioinformatics Institute.