Gamma-150 RNA-motiv - Gamma-150 RNA motif

Den gamma-150 RNA-motiv er en konservert RNA- struktur som er funnet i bakterier innenfor ordre Pseudomonadales . Fordi gamma-150 RNA ikke er konsekvent i 5 'UTR , antas gamma-150-motivet å tilsvare et ikke-kodende RNA .

Eksperimenter utført på RNA-transkripsjoner i Pseudomonas syringae DC3000 avslørte at to gamma-150 RNA i den organismen transkriberes som separate RNA-molekyler. Transkripsjonslengden er omtrent 380 nukleotider i størrelse, som er nesten dobbelt så stor som gamma-150-motivet. Det er sannsynlig at de er transkribert av RpoN, et protein som også blir referert til som sigma 54.

Strukturelt består gamma-150-motivet av fire uavhengige stengeløkker . Den første stammesløyfen (stammesløyfen nærmest 5'-enden av RNA) har signifikant samvariasjon til støtte for dens identitet som et RNA (se prediksjon av sekundær struktur ). Den andre og fjerde har mer beskjedne bevis, mens den tredje stamme-sløyfen kan være dårlig bevart eller ikke ekte. Flere regioner med høy konservering av nukleotididentitet er tilstede i hele RNA-motivet, og mange inneholder korte løp av adenosiner .

Referanser