Global mikrobiell identifikator - Global microbial identifier

Den genomiske epidemiologiske databasen for global identifikasjon av mikroorganismer eller global mikrobiell identifikator er en plattform for lagring av hele genom-sekvenseringsdata for mikroorganismer , for identifisering av relevante gener og for sammenligning av genomer for å oppdage og spore og spore smittsomme sykdomsutbrudd og nye patogener . Databasen inneholder to typer informasjon: 1) genomisk informasjon om mikroorganismer , knyttet til, 2) metadata for disse mikroorganismene, for eksempel epidemiologiske detaljer. Databasen inneholder alle slekter av mikroorganismer: bakterier , virus , parasitter og sopp .

Teknologi

For genotyping av mikroorganismer for medisinsk diagnose eller andre formål, kan forskere bruke et bredt spekter av DNA-profileringsteknikker , slik som polymerasekjedereaksjon , pulsfeltgelelektroforese eller multilokus-sekvenstyping . En komplikasjon av dette brede spekteret av teknikker er vanskeligheten med å standardisere mellom teknikker, laboratorier og mikroorganismer, som kan overvinnes ved å bruke den komplette DNA- koden til genomet generert av helgenomsekvensering. For enkel diagnostisk identifikasjon blir hele genom-sekvenseringsinformasjonen til en mikrobiologisk prøve matet inn i en global genomisk database og sammenlignet med BLAST- prosedyrer til genomene som allerede er tilstede i databasen. I tillegg kan hele genom-sekvenseringsdata brukes til å beregne tilbake til de forskjellige pre-hele genom-sekvensering-genotypemetodene, slik at tidligere samlet verdifull informasjon ikke går tapt. For den globale mikrobielle identifikatoren er den genomiske informasjonen koblet til et bredt spekter av metadata om den spesifikke mikrobielle klonen og inkluderer viktig klinisk og epidemiologisk informasjon som globale funnsteder, behandlingsalternativer og antimikrobiell resistens , noe som gjør det til et generelt mikrobiologisk identifikasjonsverktøy. Dette muliggjør personlig behandling av mikrobiell sykdom, i tillegg til sanntids sporingssystemer for global overvåking av smittsomme sykdommer for mattrygghet og for menneskers helse .

Initiativet

Initiativet for å bygge databasen oppsto i 2011, og da flere forutsetninger ble oppfylt: 1) helgenomsekvensering er blitt modent og seriøst alternativ for andre genotypingsteknikker, 2) prisen på helgenomsekvensering har begynt å falle dramatisk og i noen tilfeller pris på tradisjonelle identifikasjoner, 3) store mengder IT- ressurser og et raskt internett har blitt tilgjengelig, og 4) det er ideen om at smittsomme sykdommer via en sektorovergripende og One Health- tilnærming kan kontrolleres bedre.

I begynnelsen av det andre årtusenet startet mange mikrobiologiske laboratorier, så vel som nasjonale helseinstitutter, genom-sekvenseringsprosjekter for sekvensering av samlinger av smittsomme stoffer de hadde i sine biobanker . Dermed genererer private databaser og sender modellgenomer til globale nukleotiddatabaser som GenBank fra National Center for Biotechnology Information eller nukleotiddatabasen til EMBL . Dette skapte et vell av genomisk informasjon og uavhengige databaser for eukaryote så vel som prokaryote genomer. Behovet for å integrere disse databasene ytterligere og harmonisere datainnsamlingen, og koble genomdata til metadata for optimal forebygging av smittsomme sykdommer, ble generelt anerkjent av det vitenskapelige samfunnet. I 2011 tok flere smittsomme sykdomsbekjempelsessentre og andre organisasjoner initiativ til en serie internasjonale vitenskapelige og politiske møter, for å utvikle en felles plattform og for å bedre forstå potensialene til en interaktiv mikrobiologisk genomisk database. Det første møtet var i Brussel, september 2011, etterfulgt av møter i Washington (mars 2012) og København (februar 2013). I tillegg til eksperter fra hele verden, er mellomstatlige organisasjoner inkludert i aksjonen, særlig Verdens helseorganisasjon og Verdens organisasjon for dyrehelse .

Utviklingsplan

En detaljert veikart for utvikling av databasen ble satt opp med følgende generelle tidslinje:

2010 - 2012: Utvikling av pilotsystemer.
2011 - 2013: Internasjonal strukturell oppstart, med dannelse av en internasjonal kjernegruppe, analyse av dagens og fremtidige landskap for å bygge databasen, og diplomatiinnsats for å bringe de aktuelle gruppene sammen.
2012 - 2016: Utvikling av en robust IT-ryggrad for databasen, og utvikling av nye genomanalysealgoritmer og programvare.
2017 - 2020: Bygging av en global løsning, inkludert etablering av nettverk og regionale knutepunkter.

Styringsgruppe

Nåværende medlemmer:

Tidligere medlemmer:

Sekretariat

  • Forskningssjef, Frank Møller Aarestrup, Danmarks tekniske universitet.
  • Administrativ koordinator, Vibeke Dybdahl Hammer, Danmarks tekniske universitet.
  • Administrativ koordinator, Natasha Yang, Nanyang teknologiske universitet.

Se også

Referanser

Eksterne linker