Liste over programvare for fylogenetisk trevisualisering - List of phylogenetic tree visualization software

Denne listen over fylogenetiske trevisningsprogrammer er en samling av programvareverktøy og webportaler som brukes til å visualisere fylogenetiske trær .

Online programvare

Navn Beskrivelse Sitering
Aquapony Javascript tree viewer for Beast
ETE verktøykasse Tree Viewer et elektronisk verktøy for fylogenetisk trevisning (newick -format) som gjør at flere sekvensjusteringer kan vises sammen med trærne (fasta -format)
EvolView et online verktøy for å visualisere, kommentere og administrere fylogenetiske trær
IcyTree Javascript SVG-visning på klientsiden for kommenterte rotfulle trær. Støtter også fylogenetiske nettverk
Iroki Automatisk tilpasning og visualisering av fylogenetiske trær
iTOL - interaktivt livets tre kommentere trær med forskjellige typer data og eksportere til forskjellige grafiske formater; skriptbar gjennom et batchgrensesnitt
Microreact Koble sammen, visualiser og utforsk sekvens og metadata ved hjelp av fylogenetiske trær, kart og tidslinjer
OneZoom bruker IFIG (Interactive Fractal Inspired Graphs) for å vise fylogenetiske trær som kan zoome inn for å øke detaljene
pangolin Tilordne en gitt prøve genomisk sekvens av SARS-CoV-2 til sin slekt
Phylo.io Se og sammenlign opptil 2 trær side om side med interaktive HTML5 -visualiseringer
PhyloExplorer et verktøy for å lette vurdering og håndtering av fylogenetiske tresamlinger. Gitt en innsamling av forankrede trær, gir PhyloExplorer muligheter for å skaffe statistikk som beskriver samlingen, korrigere ugyldige taxonnavn, trekke ut taksonomisk relevante deler av samlingen ved hjelp av et dedikert spørrespråk og identifisere relaterte trær i TreeBASE -databasen.
PHYLOViZ Online Nettbasert verktøy for visualisering, fylogenetisk slutning, analyse og deling av minimalt spennende trær
PhyloWidget se, redigere og publisere fylogenetiske trær online; grensesnitt med databaser
T-REX (webserver) Treinferens og visualisering (hierarkisk, radial og aksial trevisning), horisontal genoverføringsdeteksjon og visualisering av HGT -nettverk
TidyTree En klient-side HTML5/SVG fylogenetisk tre-gjengivelse, basert på D3.js
TreeVector skalerbare, interaktive, fylogenetiske trær for nettet, produserer dynamisk SVG- eller PNG -utgang, implementert i Java

Desktop programvare

Navn Beskrivelse OS 1 Sitering
ARB Et integrert programvaremiljø for trevisualisering og annotering LM
Archaeopteryx Java Tree Viewer og Editor (pleide å være ATV)
BioNumerics Universell plattform for styring, lagring og analyse av alle typer biologiske data, inkludert tre- og nettverksinferens av sekvensdata W
Bio :: Phylo En samling Perl -moduler for manipulering og visualisering av fylogenetiske data. Bio :: Philo er en del av en omfattende pakke med Perl -biologiverktøy Alle
Dendroskop En interaktiv seer for store fylogenetiske trær og nettverk Alle
DensiTree En betrakter som er i stand til å se flere overlappede trær. Alle
Fikentre Enkel Java -treviser som kan lese newick- og nexus -trefiler. Kan brukes til å farge grener og produsere vektorkunstverk. Alle
JEvTrace En multivalent nettleser for sekvensjustering, fylogeni og struktur. Utfører en interaktiv evolusjonær spor og annen fylogeni-inspirert analyse. Alle
MEGA Programvare for statistisk analyse av molekylær evolusjon. Den inneholder forskjellige trevisualiseringsfunksjoner Alle
MultiDendrograms Interaktiv åpen kildekode-applikasjon for å beregne og plotte fylogenetiske trær Alle
PHYLOViZ Filogenetisk slutning og datavisualisering for alleliske/SNP -sekvensprofiler ved bruk av Minimum Spanning Trees Alle
SplitsTree Programvare for visning av trær, kladogrammer , NeighborNets og andre grafer Alle
TreeDyn Programvare med åpen kildekode for tremanipulering og annotering som tillater inkorporering av metainformasjon Alle
Treevolution Åpen kildekodeverktøy for sirkulær visualisering med snitt- og ringforvrengning og flere andre funksjoner som grenklustering og beskjæring Alle
TreeGraph 2 Tredaktør med åpen kildekode med mange redigerings- og formateringsoperasjoner, inkludert kombinasjon av forskjellige fylogenetiske analyser Alle
Tre utsikt Treeviewing programvare Alle
UGENE Et visuelt grensesnitt for opensource for Phylip 3.6 -pakken Alle

1 "Alt" refererer til Microsoft Windows, Apple OSX og Linux; L = Linux, M = Apple Mac, W = Microsoft Windows

Biblioteker

Navn Språk Beskrivelse Sitering
ggtree R En R -pakke for trevisualisering og annotering med grafikkgrafikk som støttes
jsPhyloSVG Javascript åpen kildekode-javascript-bibliotek for gjengivelse av meget utvidbare, tilpassbare fylogenetiske trær; brukt til Elseviers interaktive trær
PhyD3 Javascript interaktiv fylogenetisk trevisualisering med numeriske annotasjonsgrafer, med SVG- eller PNG -utgang, implementert i D3.js
phylotree.js Javascript phylotree.js er et bibliotek som utvider det populære datavisualiseringsrammeverket D3.js , og er egnet for å bygge JavaScript -applikasjoner der brukere kan se og samhandle med fylogenetiske trær
PhyloPlots.jl Julia PhyloPlots.jl er en julia -pakke for å plotte fylogenetiske trær og nettverk, integrert med PhyloNetworks.jl
Phytools R Fylogenetiske verktøy for sammenligningsbiologi (og andre ting) basert på R
toytree Python Toytree: Et minimalistisk trevisualiserings- og manipulasjonsbibliotek for Python

Se også

Referanser

Eksterne linker