"Dragula", når Neo møter Trinity på nattklubben - i bakgrunnen mens Trinity sier "Hei Neo ...".
"Mindfields", i samme scene - i bakgrunnen bleknet inn fra "Dragula" akkurat som Trinity sier "Mitt navn er Trinity."
"Leave You Far Behind (Lunatics Roller Coaster Mix)", under kamptreningsscenen mellom Neo og Morpheus.
"Clubbed to Death", når Neo og Morpheus er med i programmet "Woman in the red dress".
"Prime Audio Soup", når mannskapet på Nebuchadnezzar blir sett plugge inn i Matrix for første gang med Neo som forberedelse til sitt besøk med The Oracle.
"Spybreak!", Under skytespillet i lobbyen.
"Wake Up", når Neo legger på telefonen på slutten av filmen og flyr bort, fortsetter han til kreditter.
"Rock Is Dead", studiepoeng.
Musikk fra filmen som ikke vises på lydsporet
Musikken som spilles på Neos hodetelefoner ("Dissolved Girl" av Massive Attack ) når han blir kontaktet av Trinity.
"Plasticity" av Plastikman alias Richie Hawtin , når Neo møter Trinity på nattklubben.
Bakgrunnsmusikken når Neo kjemper mot Morpheus i sparringprogrammet ( Don Davis '"Bow Whisk Orchestra" [et anagram av "Wachowski Brothers"], som kombinerer semi-improvisasjonell tromming, Lunatic Calms blanding av "Leave You Far Behind", og Davis '"Switch or Break Show" [også et anagram av "Wachowski Brothers"]. Versjonen av "Leave You Far Behind" som er funnet i lydsporet er den originale albumet, ikke filmblandingen.).
Musikken fra Night of the Lepus som kan høres fra fjernsynsapparatet i Oracle's stue er "Begin the Run" skrevet av Jimmie Haskell .
Et spor fra " The Eyes of Truth ", av det musikalske prosjektet Enigma , ble brukt til filmens verdensomspennende trailer .
Et spor som ligner på " The Eyes of Truth " med tittelen "The Conquest of Truth" komponert og spilt inn av Paul Hanson for Music Junkies ble brukt til DVD -hovedmenyen.