Y -STR - Y-STR
STR -nettsted |
Mutasjonshastighet (x 10 −3 ) | |||||
LB-96%KI | 'vurdere' | UB-96%KI | Merknader | |||
DYS19 | 1.5 | 2.4 | 3.5 | 23 av 9658 | ||
DYS385 | 1.4 | 2.1 | 3.0 | 31 av 14896 | ||
DYS389I | 0,95 | 1.8 | 3.0 | 14 av 7862 | ||
DYS389II | 1.8 | 2.8 | 4.2 | 22 av 7849 | ||
DYS390 | 1.4 | 2.3 | 3.5 | 21 av 9140 | ||
DYS391 | 2.0 | 3.0 | 4.5 | 28 av 9089 | ||
DYS392 | 0,18 | 0,55 | 1.3 | 5 av 9053 | ||
DYS393 | 0,36 | 0,89 | 1.8 | 7 av 7842 | ||
DYS437 | 0,60 | 1.5 | 3.1 | 7 av 4672 | ||
DYS438 | 0,051 | 0,43 | 1.5 | 2 av 4709 | ||
DYS439 | 3.8 | 5.7 | 8.4 | 27 av 4686 | ||
DYS448 | 0,19 | 1.6 | 5.7 | 2 av 1258 | ||
DYS456 | 1.8 | 4.8 | 10 | 6 av 1258 | ||
DYS458 | 2.8 | 6.4 | 12 | 8 av 1258 | ||
DYS635 | 1.6 | 3.8 | 7.4 | 8 av 2131 | ||
GATA H4.1 | 0,71 | 2.2 | 5.1 | 5 av 2294 | ||
Fra tabell 1. Sanchez-Diz et al. 2008. Legg merke til at noen av N i 17 STR er ganske lave i frekvens |
En Y-STR er en kort tandemrepetisjon (STR) på Y-kromosomet . Y-STR brukes ofte i rettsmedisin , farskap og genealogisk DNA-testing . Y-STR er hentet spesielt fra det mannlige Y-kromosomet. Disse Y-STR-ene gir en svakere analyse enn autosomale STR-er fordi Y-kromosomet bare finnes hos menn, som bare sendes ned av faren, noe som gjør Y-kromosomet i en hvilken som helst farelinje praktisk talt identisk. Dette forårsaker en vesentlig mindre forskjell mellom Y-STR-prøver. Autosomale STRs gir en mye sterkere analytisk kraft på grunn av den tilfeldige matchingen som oppstår mellom kromosompar under zygoteprosessen.
Nomenklatur
Y-STRs er tildelt navn av HUGO gen-nomenklaturkomiteen (HGNC).
Noen testfirmaer har forskjellige formater for måten STR -markører skrives på. For eksempel kan markøren DYS455 skrives som DYS455, DYS 455, DYS# 455 eller DYS# 455. Den vitenskapelige standarden akseptert av HUGO og NIST er DYS455.
DYS
DYS er en variant av sjargongen som brukes i human autosomal STR -testing der det andre tegnet vanligvis er reservert for kromosomtallet (f.eks. D8S1179).
D = DNA
Y = Y-kromosom
S = (unikt) segment
Y-STR analyse
Det er områder på DNA som består av flere kopier av korte repeterende sekvenser av baser (for eksempel TATT) som gjentar et variabelt antall ganger, avhengig av individet. Disse områdene, kalt "variabel tall korte tandemrepetisjoner", er det man ser på når man utfører STR -analyse. Sannsynligheten for at to personer har samme antall gjentatte sekvenser er ekstremt liten, og blir enda mindre jo flere regioner som analyseres. Dette danner grunnlaget for en kort tandem -gjentagelsesanalyse. Hjørnesteinen for denne prosessen er imidlertid polymerasekjedereaksjon (PCR). Dette gjør at rettsmedisinske forskere kan lage millioner av kopier av STR -regionene. Gelelektroforese gir deretter "antall ganger hver gjentagende enhet vises i fragmentet." Dette muliggjør enkel sammenligning av DNA.
STR og rettsmedisin
I USA brukes 13 forskjellige autosomale STR -loci som analysegrunnlag for rettsmedisinske formål. Hvis DNA på kriminalitetsstedet er stort og alle de 13 autosomale lokalene er tilgjengelige, er sannsynligheten for at to ikke -relaterte mennesker matcher den samme prøven rundt en av en milliard.
Grunnlaget for profil sannsynlighetsestimering for Y-STR analyse er tellemetoden. Anvendelsen av et konfidensintervall står for databasestørrelse og samplingsvariasjon. Y -haplotypefrekvensen (p) beregnes ved hjelp av formelen p = x/N, hvor x er lik antall ganger haplotypen blir observert i en database som inneholder N -antall haplotyper. For eksempel, hvis en haplotype har blitt observert to ganger i en database med N = 2000, vil frekvensen av den haplotypen være: 2/2000 = 0,001. Å rapportere en Y -haplotypefrekvens, uten konfidensintervall, er akseptabelt, men gir bare en saklig uttalelse om observasjoner av en Y -haplotype i databasen. En øvre konfidensgrense for sannsynligheten for Y -haplotypen i befolkningen bør beregnes ved hjelp av metoden beskrevet av Clopper og Pearson (1934). Dette bruker binomialfordelingen for sannsynligheten for tellinger, inkludert null eller andre små tall som finnes for Y -haplotyper.
Databaser
Rettsmedisinske databaser (uten individuell informasjon, for frekvensformål):
I genetisk slektsforskning var Ysearch den siste sponsede databasen som inneholdt offentlig etternavn og Y-STR- haplotyper til den ble avviklet 24. mai 2018, en dag før implementeringen av den generelle databeskyttelsesforordningen i EU , etter en lengre periode periode med manglende støtte fra skaperen, Family Tree DNA . Databasen ble grunnlagt i 2003 og nådde 219 tusen poster (blant dem 152 tusen unike haplotyper) før den ble stengt. Andre lignende databaser hadde forsvunnet tidligere.
Haplogroup (Y-SNP) spesifikke data:
Se også
Referanser
Eksterne linker
Diagrammer
- National Institute of Standards and Technology (NIST) - Y STR -stillinger langs Y -kromosomet
Faktaark
- National Institute of Standards and Technology (NIST) - Sammendragsliste over Y Chromosome STR Loci og tilgjengelige faktaark
- National Institute of Standards and Technology (NIST) - STR Faktaark
- dna.reinyday.com - DYS464
- Y-STR markører -Detaljer og statistikk
Databaser
- yhrd.org - Y Chromosome Haplotype Reference Database
- usystrdatabase.org -US Y-STR Database
- [8] - Applied Biosystems YFiler Database
- ysearch.org -Y-DNA-database