BindingDB - BindingDB
 | |
|---|---|
| Innhold | |
| Beskrivelse | Kjemisk database |
| Datatyper fanget |
Molekyler med medikamentlignende egenskaper og biologisk aktivitet |
| Ta kontakt med | |
| Forfattere | Michael Gilson, teamleder |
| Primær sitering | PMID 17145705 |
| Utgivelsesdato | 1995 |
| Adgang | |
| nettsted | BindingDB |
| Last ned URL | Nedlastinger |
| Diverse | |
| Tillatelse | BindingDB-data blir gjort tilgjengelig i en Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0 Unported-lisens |
BindingDB er en offentlig, nett-tilgjengelig database med målte bindingsaffiniteter, med hovedvekt på interaksjonene mellom proteiner som anses å være kandidatmedisinmål med ligander som er små, medikamentlignende molekyler. Fra og med mars 2011 inneholder BindingDB omtrent 650 000 bindingsdata, for 5 700 proteinmål og 280 000 små molekyler. BindingDB inkluderer også en liten samling av verts-gjest bindende data av interesse for kjemikere som studerer supramolekylære systemer.
Formålet med BindingDB er å støtte medisinsk kjemi og medisinfunn gjennom litteraturbevissthet og utvikling av relasjoner mellom struktur og aktivitet (SAR og QSAR); validering av beregningskjemi og molekylære modelleringsmetoder som forankring , scoring og gratis energimetoder; kjemisk biologi og kjemisk genomikk; og grunnleggende studier av den fysiske kjemien ved molekylær gjenkjenning .
Datainnsamlingen stammer fra en rekke målemetoder, inkludert enzyminhibering og kinetikk, isotermisk titreringskalorimetri, NMR og radioligand og konkurranseanalyser. BindingDB inkluderer data hentet fra den vitenskapelige litteraturen av BindingDB-prosjektet, utvalgte PubChem- bekreftende BioAssays og ChEMBL- oppføringer som det er gitt et veldefinert proteinmål ("TARGET_TYPE = 'PROTEIN'").
Historie og finansiering
BindingDB-prosjektet ble unnfanget på midten av 1990-tallet, basert på anerkjennelse av den brede verdien av kvantitative affinitetsdata og utilstrekkeligheten til journalartikler som et middel til å gjøre disse dataene tilgjengelige. Et NIST- sponset verksted i september 1997 validerte konseptet, og finansiering fra NSF og NIST muliggjorde innledende utvikling av databasen med en samling av data for systemer av mange typer, inkludert proteinligand, protein-protein og vertsgjestbinding . Forhåpninger om at databasen først og fremst ville bli befolket gjennom deponeringer av eksperimentelle eksperter ble ikke gjennomført, og det ble klart at prosjektet måtte ta ansvar for å hente ut data fra litteraturen. Gitt den enorme litteraturen om molekylgjenkjenning og begrensninger i tilgjengelige ressurser, betydde dette at det å lage en nyttig database ville kreve begrensende oppmerksomhet til et veldefinert sett med bindende data med høy verdi.
Beslutningen ble tatt for å fokusere på bindingsdata for små molekyler med proteiner som er medikamentelle mål, eller potensielle medikamentelle mål, og som den tredimensjonale strukturen er tilgjengelig i PDB for eller potensielt kan modelleres til høy nøyaktighet basert på strukturen til et lignende protein. Dette valget vil hjelpe medisinske funn for de valgte målene, så vel som utviklingen av både ligandbaserte og strukturbaserte metoder for beregningsliganddesign. Dette er dagens fokus på BindingDB, som ledes av Michael Gilson , basert på UC San Diego 's Skaggs School of Pharmacy og Pharmaceutical Sciences , og støttet av et stipend fra NIH .
Capabilities
BindingDBs nettgrensesnitt gir en rekke verktøy for surfing, spørring og dataoverføring. Disse inkluderer bla gjennom navnet på et proteinmål eller ved journalføring, spørring etter kjemisk likhet og understruktur, og nedlastinger etter mål eller spørringsresultat.