BioGRID - BioGRID

BioGRID

Innhold
Beskrivelse	BioGRID er et biomedisinsk interaksjonsregister med data samlet gjennom omfattende kurasjonsarbeid.
Datatyper fanget	Proteininteraksjoner , genetiske interaksjoner , kjemiske interaksjoner, post-translationelle modifikasjoner .
Organismer	80
Ta kontakt med
Forskningssenter	Université de Montréal , Princeton University , Mount Sinai Hospital (Toronto)
Laboratorium	Institut de Recherche en Immunologie et en Cancérologie, Lewis-Sigler Institute for Integrative Genomics, Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute
Forfattere	Lorrie Boucher, Ashton Breitkreutz, Bobby-Joe Breitkreutz, Christie Chang, Andrew Chatr-Aryamontri, Kara Dolinski, Sven Heinicke, Nadine Kolas, Lara O'Donnell, Sara Oster, Rose Oughtred, Jennifer Rust, Adnane Sellam, Chris Stark, Jean Tang , Chandra Theesfeld, Mike Tyers.
Primær sitering	Stark & ​​al. (2006)
Adgang
Dataformat	Tilpassede flate filer, PSI-MI, MITAB
Nettsted	thebiogrid .org
Last ned URL	nedlastinger .thebiogrid .org / BioGRID
Webtjenestens URL	Ja - wiki .thebiogrid .org / doku .php / biogridrest
Verktøy
Internett	Avansert søk, integrert nettverksvisning, egendefinerte nedlastinger, bulk henting / nedlasting
Diverse
Versjonering	Ja
Data frigivelse frekvens	Månedlig (4 uker)
Versjon	4.2.193; 1. januar 2021 ; 5 måneder siden ( 2021-01-01 )
Curation policy	Ja - manuell; Også fokusert kurasjonsinnsats.
Bokmerkbare enheter	Ja - både individuelle resultater og søk,

The Biological General Repository for Interaction Datasets ( BioGRID ) er en kurert biologisk database med protein- proteininteraksjoner, genetiske interaksjoner , kjemiske interaksjoner og post-translationelle modifikasjoner opprettet i 2003 (opprinnelig referert til som ganske enkelt General Repository for Interaction Datasets (GRID) av Mike Tyers, Bobby-Joe Breitkreutz, og Chris Stark på Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute ved Mount Sinai Hospital . den arbeider for å gi en omfattende kuratert ressurs for alle de store modellorganisme arter under forsøk på å fjerne redundans for å lage et enkelt kartlegging av data Brukere av BioGRID kan søke etter proteiner , kjemikalier eller publisering av interesse og hente kommentarer, samt kuraterte data som rapportert, av den primære litteraturen og utarbeidet av internt omfattende kurasjonsarbeid. BioGRID er vert i Toronto , Ontario , Canada og Dallas , Texas , USA og samarbeider med Saccharomyces Genome Database , FlyBas e , WormBase , PomBase og Alliance of Genome Resources. BioGRID er finansiert av NIH og CIHR . BioGRID er observatørmedlem i International Molecular Exchange Consortium (IMEx).

Historie

Den BioGRID ble opprinnelig publisert og utgitt som rett og slett den general Repository for samhandling datasett , men ble senere omdøpt til BioGRID for mer konsist beskrive prosjektet, og hjelpe skille det fra flere grid computing prosjekter med et lignende navn. Opprinnelig skilt inn i organisme- spesifikke databaser, gir den nyeste versjonen nå en enhetlig frontend som muliggjør søk på tvers av flere organismer samtidig. BioGRID ble opprinnelig utviklet som et prosjekt ved Lunenfeld-Tanenbaum Research Institute ved Mount Sinai Hospital, men har siden utvidet seg til å inkludere team ved Institut de Recherche en Immunologie et en Cancérologie ved Université de Montréal og Lewis-Sigler Institute for Integrative Genomics ved Princeton University . BioGRIDs opprinnelige fokus var kurering av binært protein-protein og genetiske interaksjoner, men har utvidet seg over flere oppdateringer for å inkorporere kuraterte posttranslasjonelle modifikasjonsdata , kjemiske interaksjonsdata og komplekse multi-gen / protein-interaksjoner. Videre fortsetter BioGRID å utvide kuraterte data hver måned, og også utvikle og frigjøre nye verktøy, data fra omfattende målrettede kurasjonsprosjekter, og utføre målrettet vitenskapelig analyse.

Curation av genetiske, protein og kjemiske interaksjoner

Biological General Repository for Interaction Datasets (BioGRID) er en åpen tilgangsdatabase som huser genetiske og proteininteraksjoner kurert fra den primære biomedisinske litteraturen for alle større modellorganismer og mennesker. Fra 18. oktober 2020 inneholder BioGRID 1.928 millioner interaksjoner, hentet fra 63 083 publikasjoner som representerer 71 modellorganismer. Ved begynnelsen av 2021 inneholdt den allerede mer enn 2,0 millioner biologiske interaksjoner, 29 023 kjemiske proteininteraksjoner og 506 485 posttranslasjonelle modifikasjoner samlet fra 75 988 publikasjoner for mer enn 80 arter. BioGRID-data distribueres fritt gjennom partnermodellorganismedatabaser og metadatabaser og kan lastes ned direkte i en rekke formater. BioGRID-kurering er koordinert gjennom et Interaction Management System (IMS) som letter kompileringsinteraksjonsregistrene gjennom strukturerte beviskoder, fenotype ontologier og genkommentarer. BioGRID-arkitekturen er forbedret for å støtte et bredere spekter av interaksjoner og posttranslasjonelle modifikasjonstyper, for å tillate representasjon av mer komplekse multi-gen / protein-interaksjoner, for å redegjøre for cellulære fenotyper gjennom strukturerte ontologier, for å fremskynde kurering gjennom semi -automated tekst mining tilnærminger, og for å forbedre curation kvalitetskontroll. Gjennom omfattende kurasjonsarbeid inkluderer BioGRID nå et praktisk talt komplett sett av interaksjoner rapportert til dags dato i primærlitteraturen for spirende gjær ( Saccharomyces cerevisiae ), thale-karse ( Arabidopsis thaliana ) og fisjoneringsgjær ( Schizosaccharomyces pombe ).

Tema kurasjonsprosjekter

På grunn av den overveldende størrelsen på publisert vitenskapelig litteratur som inneholder menneskelige ( Homo sapiens ) gen- , protein- og kjemiske interaksjoner, har BioGRID tatt en målrettet, prosjektbasert tilnærming til kurering av menneskelig interaksjonsdata i håndterbare samlinger av data med stor innvirkning. Disse tematiske kurasjonsprosjektene representerer sentrale biologiske prosesser med sykdomsrelevans som kromatinmodifisering , autofagi og ubiquitin - proteasom- systemet eller sykdommer av interesse, inkludert glioblastom , Fanconi-anemi og COVID-19 . Fra og med 18. oktober 2020 har arbeidet med kurasjonsprosjekt med BioGRID-tema resultert i utvinning av 424631 interaksjoner som involverer 2361 proteiner fra mer enn 37.000 vitenskapelige artikler.

Curation of Genom-Wide CRISPR Screens

CRISPR -baserte genetiske skjermer har nå blitt rapportert i tallrike publikasjoner som lenker gen funksjonen til cellelevedyktigheten, kjemisk og stresstoleranse , og andre fenotyper . For å øke tilgjengeligheten av CRISPR- skjermdata og lette tildeling av proteinfunksjon , har BioGRID utviklet en innebygd ressurs kalt Open Repository of CRISPR Screens (ORCS) for å huse og distribuere manuelt kuraterte, omfattende samlinger av CRISPR-skjermdatasett ved bruk av Cas9 og andre CRISPR-nukleaser . Fra 18. oktober 2020 inneholder BioGRID-ORCS mer enn 1 042 CRISPR-skjermer kuratert fra 114 publikasjoner som representerer mer enn 60 000 unike gener på tvers av tre humane arter ( Homo sapiens ), fruktflue ( Drosophila melanogaster ) og husmus ( Mus musculus ) i over 670 cellelinjer og 17 fenotyper .

Støttede organismer

Følgende organismer støttes for tiden innen BioGRID , og hver har kuratert interaksjonsdata tilgjengelig i henhold til den nyeste statistikken .

Finansiering av BioGRID

BioGRID er finansiert av tilskudd fra National Institutes of Health og Canadian Institutes of Health Research

Referanser

Eksterne linker