Kromosom 15 - Chromosome 15
| Kromosom 15 | |
|---|---|
 Menneskelig kromosom 15 par etter G-banding .
En er fra mor, en er fra far. | |
 Kromosom 15 par
i menneskelig mannlig karyogram . | |
| Funksjoner | |
| Lengde ( bp ) | 101991189 bp ( GRCh38 ) |
| Antall gener | 561 ( CCDS ) |
| Type | Autosome |
| Sentromer posisjon |
Akrosentrisk (19,0 Mbp) |
| Komplette genlister | |
| CCDS | Genliste |
| HGNC | Genliste |
| UniProt | Genliste |
| NCBI | Genliste |
| Eksterne kartvisere | |
| Ensembl | Kromosom 15 |
| Entrez | Kromosom 15 |
| NCBI | Kromosom 15 |
| UCSC | Kromosom 15 |
| Fullstendige DNA -sekvenser | |
| RefSeq | NC_000015 ( FASTA ) |
| GenBank | CM000677 ( FASTA ) |
Kromosom 15 er et av de 23 kromosomparene hos mennesker . Folk har normalt to kopier av dette kromosomet. Kromosom 15 strekker seg over omtrent 102 millioner basepar (byggematerialet til DNA ) og representerer mellom 3% og 3,5% av det totale DNA i celler . Kromosom 15 er et akrosentrisk kromosom, med en veldig liten kort arm ("p" -armen, for "petite"), som inneholder få proteinkodende gener blant sine 19 millioner basepar. Den har også en mye større langarm ("q" -armen) som er genrik, og strekker seg over rundt 83 millioner basepar.
Det humane leukocytt-antigen- genet for β2-mikroglobulin finnes på kromosom 15, så vel som FBN1-genet, som koder for både fibrillin-1 (et proteinkritisk to som fungerer korrekt for bindevev og aprosin, et lite protein produsert fra Park of the transkribert fbn1 gen mRNA.
Gener
Antall gener
Følgende er noen av genantallene for humant kromosom 15. Fordi forskere bruker forskjellige tilnærminger til genomkommentering, varierer deres spådommer om antall gener på hvert kromosom (for tekniske detaljer, se genforutsigelse ). Blant ulike prosjekter tar det samarbeidende konsensus -kodingssekvensprosjektet ( CCDS ) en ekstremt konservativ strategi. Så CCDSs gentallsprediksjon representerer en nedre grense for det totale antallet humane proteinkodende gener.
| Estimert av | Proteinkodende gener | Ikke-kodende RNA-gener | Pseudogenes | Kilde | Utgivelsesdato |
|---|---|---|---|---|---|
| CCDS | 561 | - | - | 2016-09-08 | |
| HGNC | 559 | 328 | 433 | 2017-05-12 | |
| Ensembl | 605 | 992 | 508 | 2017-03-29 | |
| UniProt | 601 | - | - | 2018-02-28 | |
| NCBI | 629 | 716 | 594 | 2017-05-19 |
Genliste
Følgende er en delvis liste over gener på humant kromosom 15. For fullstendig liste, se lenken i infoboksen til høyre.
- AAGAB : alfa- og gamma-adaptinbindende protein
- ACSBG1 : kodende enzym Acyl-CoA Synthetase, Bubblegum Family, medlem 1
- ARPP-19 : kodende protein cAMP-regulert fosfoprotein 19
- C15orf15 : kodende protein Sannsynlig ribosombiogeneseprotein RLP24
- CAPN3 : Calpain 3 (muskeldystrofi type 2A)
- CHP : Kalsiumbindende protein P22
- CHSY1 : Kondroitinsulfatsyntase 1
- CLK3 : CDC som kinase 3
- ClpX : kodende enzym ATP-avhengig Clp-protease ATP-bindende underenhet clpX-lignende, mitokondriell
- COMMD4 : kodende protein COMM-domeneinneholdende protein 4
- CPEB1 : Cytoplasmatisk polyladenyleringselementbindende protein 1
- DTWD1 :
- ELL3 : kodende protein Forlengelsesfaktor RNA-polymerase II-lignende 3
- FAH : fumarylacetoacetathydrolase (fumarylacetoacetase)
- FAM214A : kodende protein Protein FAM214A
- FBN1 : fibrillin 1 (Marfan syndrom)
- FOXB1 : kodende protein gaffelboks B1
- GATM : Glycinaminotransferase , mitokondrielt
- GCHFR : GTP -cyklohydrolase 1 tilbakemeldingsregulerende protein
- GLCE : D-glukuronyl C5-epimerase
- HDGFRP3 :
- HEXA : heksosaminidase A (alfa -polypeptid) ( Tay -Sachs sykdom )
- HMG20A : kodende protein Protein med høy mobilitet i gruppen 20A
- IDDM3 som koder for proteinet insulinavhengig diabetes mellitus 3
- IMP3 : kodende protein U3 lite nukleolært ribonukleoproteinprotein IMP3
- ITPKA : kodende enzym Inositol-trisfosfat 3-kinase A
- IVD : isovaleryl Coenzym A dehydrogenase
- KATNBL1 : kodende protein KATNBL1
- LARP6- kodende protein La-relatert protein 6, også kjent som acheron- eller La ribonucleoprotein-familiemedlem 6 (LARP6),
- LCMT2 : kodende enzym Leucin karboksylmetyltransferase 2
- LINC00926- kodende protein Lang intergenisk ikke-proteinkodende RNA 926
- MESDC2 : kodende protein LDLR chaperone MESD
- MESP1 : kodende protein Mesoderm posterior 1 homolog (mus)
- MFAP1 : kodende protein Microfibrillar-assosiert protein 1
- MCPH4 : mikrocefali, primær autosomal recessiv 4
- MIR7-2 : kodende protein MicroRNA 7-2
- MIR627 : kodende protein MicroRNA 627
- NIPA2 : kodende protein Ikke preget i Prader-Willi/Angelman syndrom region protein 2
- OCA2 : oculocutaneous albinism II (homolog med fortynning av rosa øyne, mus)
- PDCD7 : kodende protein Programmert celledødsprotein 7
- PML : promyelocytisk leukemiprotein (involvert i t (15,17) med RARalpha, dominerende årsak til akutt promyelocytisk leukemi.
- PTPLAD1 : kodende enzym Proteintyrosinfosfataselignende protein PTPLAD1
- PYGO1 : kodende protein Pygopus homolog 1 (Drosophila)
- RAD51 : RAD51 homolog (RecA homolog, E. coli) (S. cerevisiae)
- RMDN3 : kodende proteinregulator for mikrotubuli dynamikk protein 3
- RNR3 : koding for RNA, ribosomal 45S -klynge 3
- RTF1 : kodende protein Rtf1, Paf1/RNA polymerase II kompleks komponent, homolog ( S. cerevisiae )
- SCAMP2 : kodende protein Sekretorisk bærerassosiert membranprotein 2
- SCAMP5 : kodende protein Sekretorisk bærerassosiert membranprotein 5
- SCZD10 : kodende protein Schizofreni lidelse 10 (periodisk katatoni)
- SCAPER : S-fase CyclinA-assosiert protein som bor i det endoplasmatiske retikulum
- SENP8 : kodende enzym Sentrin-spesifikk protease 8
- SERF2 : kodende protein Liten EDRK-rik faktor 2
- SLC24A5 : genet som er ansvarlig for minst 1/3 av hudfargeforskjellene mellom raser, uttrykt i hjernen og nervesystemet
- SNAPC5 : kodende protein snRNA-aktiverende proteinkompleks-underenhet 5
- SPN1 : kodende protein Snurportin1
- STRC : stereocilin
- SUHW4 : koder for proteinet Sink finger-protein 280D
- SYNM : kodende protein Synemin
- TGFBR2 : plassering 3p24.2-p25 på grunn av en inaktiveringsmutasjon
- TMC3 : kodende proteintransmembrankanal som 3
- TMCO5A : kodende protein Transmembrane og coiled-coil domener 5A
- TMED3 : kodende protein Transmembrane p24 -handelsprotein 3
- UBE3A : ubiquitin protein ligase E3A (humant papillomavirus E6-assosiert protein, Angelman syndrom)
- Ube3a-ATS :
- VPS39 : kodende protein hVam6p/Vps39-lignende protein
- ZNF592 : kodende protein Sinkfingerprotein 592
- UNC13C: kodende protein unc-13 homolog C
Kromosomale forhold
Følgende tilstander er forårsaket av mutasjoner i kromosom 15. To av tilstandene ( Angelman syndrom og Prader – Willi syndrom ) innebærer tap av genaktivitet i samme del av kromosom 15, 15q11.2-q13.1 regionen. Denne oppdagelsen ga det første beviset på mennesker på at noe utover gener kan bestemme hvordan genene uttrykkes .
Angelman syndrom
Hovedtrekkene ved Angelman syndrom er alvorlig intellektuell funksjonshemning, ataksi , mangel på tale og overdrevent glad oppførsel. Angelman syndrom skyldes tap av genaktivitet i en bestemt del av kromosom 15, 15q11-q13-regionen. Denne regionen inneholder et gen kalt UBE3A som, når det er mutert eller fraværende, sannsynligvis forårsaker de karakteristiske egenskapene til denne tilstanden. Folk har normalt to kopier av UBE3A -genet, en fra hver forelder. Begge kopiene av dette genet er aktive i mange av kroppens vev. I hjernen er imidlertid bare kopien arvet fra en persons mor (mors kopi) aktiv. Hvis mors kopi går tapt på grunn av en kromosomal endring eller en genmutasjon, vil en person ikke ha noen kopier av UBE3A -genet i hjernen.
I de fleste tilfeller (ca. 70%) har personer med Angelman syndrom en sletting i mors kopi av kromosom 15. Denne kromosomforandringen sletter regionen til kromosom 15 som inkluderer UBE3A -genet. Fordi kopien av UBE3A -genet som er arvet fra en persons far (den faderlige kopien) normalt er inaktiv i hjernen, resulterer en sletting i mors kromosom 15 i ingen aktive kopier av UBE3A -genet i hjernen.
I 3% til 7% av tilfellene oppstår Angelman syndrom når en person har to kopier av farens kromosom 15 i stedet for en kopi fra hver forelder. Dette fenomenet kalles paternal uniparental disomy (UPD). Personer med faderlig UPD for kromosom 15 har to kopier av UBE3A -genet, men de er begge arvet fra faren og er derfor inaktive i hjernen.
Omtrent 10% av tilfellene med Angelman syndrom er forårsaket av en mutasjon i UBE3A -genet, og ytterligere 3% skyldes en defekt i DNA -regionen som styrer aktiveringen av UBE3A -genet og andre gener på mors kopi av kromosom 15. I en liten prosentandel av tilfellene, Angelman syndrom kan være forårsaket av en kromosomal omlegging som kalles en translokasjon eller av en mutasjon i et annet gen enn UBE3A. Disse genetiske endringene kan unormalt inaktivere UBE3A -genet.
Angelman syndrom kan være arvelig, som det fremgår av ett tilfelle der en pasient ble gravid med en datter som også hadde tilstanden.
Prader -Willi syndrom
De viktigste egenskapene til denne tilstanden inkluderer polyfagi (ekstrem, umettelig appetitt), mild til moderat utviklingsforsinkelse, hypogonadisme som resulterer i forsinket til ingen pubertet og hypotoni . Prader-Willi syndrom er forårsaket av tap av aktive gener i en bestemt del av kromosom 15, 15q11-q13-regionen. Folk har normalt to kopier av dette kromosomet i hver celle, en kopi fra hver forelder. Prader – Willi syndrom oppstår når faderlig kopi delvis eller helt mangler.
I omtrent 70% av tilfellene oppstår Prader-Willi syndrom når 15q11-q13-regionen i fedre kromosom 15 er slettet. Genene i denne regionen er normalt aktive på faderlig kopi av kromosomet og er inaktive på mors kopi. Derfor vil en person med en sletting i farens kromosom 15 ikke ha noen aktive gener i denne regionen.
I omtrent 25% av tilfellene har en person med Prader - Willi syndrom to mors kopier av kromosom 15 i hver celle i stedet for en kopi fra hver forelder. Dette fenomenet kalles mors uniparental disomi. Fordi noen gener normalt bare er aktive på faderlig kopi av dette kromosomet, vil en person med to mors kopier av kromosom 15 ikke ha noen aktive kopier av disse genene.
I en liten prosentandel av tilfellene skyldes ikke Prader - Willi syndrom en kromosomal omlegging som kalles en trans -lokasjon. Sjelden er tilstanden forårsaket av en unormalitet i DNA -regionen som kontrollerer aktiviteten til gener på faderlig kromosom 15. Fordi pasienter nesten alltid har problemer med å reprodusere, er Prader – Willi syndrom generelt ikke arvelig.
Isodisentrisk kromosom 15
En spesifikk kromosomendring som kalles et isodisentrisk kromosom 15 (IDIC15) (også kjent under en rekke andre navn ) kan påvirke vekst og utvikling. Pasienten har et "ekstra" eller "markør" kromosom. Dette lille ekstra kromosomet består av genetisk materiale fra kromosom 15 som er unormalt duplisert (kopiert) og festet ende-til-ende. I noen tilfeller er det ekstra kromosomet veldig lite og har ingen effekt på en persons helse. Et større isodisentrisk kromosom 15 kan resultere i svak muskeltonus (hypotoni), mental retardasjon, anfall og atferdsproblemer. Tegn og symptomer på autisme (en utviklingsforstyrrelse som påvirker kommunikasjon og sosial interaksjon) har også blitt assosiert med tilstedeværelsen av et isodisentrisk kromosom 15.
Andre kromosomale tilstander
Andre endringer i antall eller struktur på kromosom 15 kan forårsake forsinkelser i utviklingen, forsinket vekst og utvikling, hypotoni og karakteristiske ansiktstrekk. Disse endringene inkluderer en ekstra kopi av en del av kromosom 15 i hver celle (delvis trisomi 15) eller et manglende segment av kromosomet i hver celle (delvis monosomi 15). I noen tilfeller blir flere av kromosomets DNA -byggesteiner (nukleotider) slettet eller duplisert.
Følgende sykdommer er noen av de som er relatert til gener på kromosom 15:
- Bloom syndrom
- Brystkreft
- Isovalerisk acidemi
- Loeys - Dietz , type 3 (SMAD3 -gen)
- Marfan syndrom
- Ikke -syndromisk døvhet
- Schaaf – Yang syndrom (SYS)
- Tay - Sachs sykdom
- Tyrosinemi
Cytogenetisk bånd
| Chr. | Væpne | Bånd | ISCN start |
ISCN stopp |
Basepar start |
basepar stopp |
Flekk | Tetthet |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 15 | s | 1. 3 | 0 | 270 | 1 | 4.200.000 | gvar | |
| 15 | s | 12 | 270 | 631 | 4.200.001 | 9.700.000 | forfølge | |
| 15 | s | 11.2 | 631 | 1142 | 9.700.001 | 17 500 000 | gvar | |
| 15 | s | 11.1 | 1142 | 1382 | 17.500.001 | 19.000.000 | acen | |
| 15 | q | 11.1 | 1382 | 1487 | 19 000,001 | 20 500 000 | acen | |
| 15 | q | 11.2 | 1487 | 1773 | 20.500.001 | 25 500 000 | gneg | |
| 15 | q | 12 | 1773 | 1968 | 25.500.001 | 27 800 000 | gpos | 50 |
| 15 | q | 13.1 | 1968 | 2164 | 27 800 001 | 30.000.000 | gneg | |
| 15 | q | 13.2 | 2164 | 2284 | 30 000,001 | 30.900.000 | gpos | 50 |
| 15 | q | 13.3 | 2284 | 2524 | 30.900.001 | 33 400 000 | gneg | |
| 15 | q | 14 | 2524 | 2765 | 33 400 001 | 39 800 000 | gpos | 75 |
| 15 | q | 15.1 | 2765 | 2975 | 39 800 001 | 42 500 000 | gneg | |
| 15 | q | 15.2 | 2975 | 3065 | 42.500.001 | 43 300 000 000 | gpos | 25 |
| 15 | q | 15.3 | 3065 | 3245 | 43 300 001 | 44 500 000 | gneg | |
| 15 | q | 21.1 | 3245 | 3471 | 44.500.001 | 49 200 000 | gpos | 75 |
| 15 | q | 21.2 | 3471 | 3621 | 49.200.001 | 52.600.000 | gneg | |
| 15 | q | 21.3 | 3621 | 3846 | 52.600.001 | 58 800 000 | gpos | 75 |
| 15 | q | 22.1 | 3846 | 3982 | 58.800.001 | 59.000.000 | gneg | |
| 15 | q | 22.2 | 3982 | 4087 | 59 000,001 | 63 400 000 | gpos | 25 |
| 15 | q | 22.31 | 4087 | 4252 | 63 400 001 | 66.900.000 | gneg | |
| 15 | q | 22.32 | 4252 | 4357 | 66.900.001 | 67.000.000 | gpos | 25 |
| 15 | q | 22.33 | 4357 | 4507 | 67 000,001 | 67 200 000 | gneg | |
| 15 | q | 23 | 4507 | 4613 | 67.200.001 | 72 400 000 | gpos | 25 |
| 15 | q | 24.1 | 4613 | 4748 | 72 400 001 | 74 900 000 | gneg | |
| 15 | q | 24.2 | 4748 | 4808 | 74.900.001 | 76 300 000 000 | gpos | 25 |
| 15 | q | 24.3 | 4808 | 4928 | 76 300001 | 78 000 000 | gneg | |
| 15 | q | 25.1 | 4928 | 5048 | 78 000,001 | 81 400 000 | gpos | 50 |
| 15 | q | 25.2 | 5048 | 5169 | 81 400 001 | 84.700.000 | gneg | |
| 15 | q | 25.3 | 5169 | 5379 | 84.700.001 | 88 500 000 | gpos | 50 |
| 15 | q | 26.1 | 5379 | 5649 | 88.500.001 | 93 800 000 | gneg | |
| 15 | q | 26.2 | 5649 | 5860 | 93 800 001 | 98.000.000 | gpos | 50 |
| 15 | q | 26.3 | 5860 | 6070 | 98.000.001 | 101.991.189 | gneg |
Referanser
Spesifikke referanser:
Generelle referanser:
- Bittel DC, Butler MG (2005). "Prader-Willi syndrom: klinisk genetikk, cytogenetikk og molekylærbiologi" . Ekspert Rev Mol Med . 7 (14): 1–20. doi : 10.1017/S1462399405009531 . PMC 6750281 . PMID 16038620 .
- Bittel DC, Kibiryeva N, Talebizadeh Z, Butler MG (2003). "Mikroarrayanalyse av gen/transkripsjon uttrykk i Prader-Willi syndrom: sletting versus UPD" . J Med Genet . 40 (8): 568–574. doi : 10.1136/jmg.40.8.568 . PMC 1735542 . PMID 12920063 .
- Bittel DC, Kibiryeva N, Talebizadeh Z, Driscoll DJ, Butler MG (2005). "Mikroarrayanalyse av gen/transkripsjon uttrykk i Angelman syndrom: sletting versus UPD" . Genomikk . 85 (1): 85–91. doi : 10.1016/j.ygeno.2004.10.010 . PMC 6800218 . PMID 15607424 .
- Borgatti R, Piccinelli P, Passoni D, Dalpra L, Miozzo M, Micheli R, Gagliardi C, Balottin U (2001). "Forholdet mellom kliniske og genetiske trekk hos" inverterte dupliserte kromosom 15 "pasienter". Pediatr Neurol . 24 (2): 111–116. doi : 10.1016/S0887-8994 (00) 00244-7 . PMID 11275459 .
- Butler MG, Bittel DC, Kibiryeva N, Talebizadeh Z, Thompson T (2004). "Atferdsforskjeller blant personer med Prader-Willi syndrom og sletting av type I eller type II og mors disomi" . Pediatri . 113 (3 punkt 1): 565–573. doi : 10.1542/peds.113.3.565 . PMC 6743499 . PMID 14993551 .
- Cassidy SB, Dykens E, Williams CA (2000). "Prader-Willi og Angelman syndromer: søster påtrykte lidelser". Am J Med Genet . 97 (2): 136–146. doi : 10.1002/1096-8628 (200022) 97: 2 <136 :: AID-AJMG5> 3.0.CO; 2-V . PMID 11180221 .
- Clayton-Smith J, Laan L (2003). "Angelman syndrom: en gjennomgang av de kliniske og genetiske aspektene" . J Med Genet . 40 (2): 87–95. doi : 10.1136/jmg.40.2.87 . PMC 1735357 . PMID 12566516 .
- Gilbert F (1999). "Sykdomsgener og kromosomer: sykdomskart over det menneskelige genomet. Kromosom 15". Genet -test . 3 (3): 309–322. doi : 10.1089/109065799316653 . PMID 10495933 .
- Lee S, Wevrick R (2000). "Identifikasjon av nye påtrykte transkripsjoner i Prader-Willi syndrom og slettingsregion for Angelman syndrom: ytterligere bevis for regional avtrykkskontroll" . Er J Hum Genet . 66 (3): 848–858. doi : 10.1086/302817 . PMC 1288168 . PMID 10712201 .
- Rineer S, Finucane B, Simon EW (1998). "Autistiske symptomer blant barn og unge voksne med isodisentrisk kromosom 15". Am J Med Genet . 81 (5): 428–433. doi : 10.1002/(SICI) 1096-8628 (19980907) 81: 5 <428 :: AID-AJMG12> 3.0.CO; 2-E . PMID 9754629 .
- Zollino M, Tiziano F, Di Stefano C, Neri G (1999). "Delvis duplisering av den lange armen til kromosom 15: bekreftelse på en forårsakende rolle i kraniosynostose og definisjon av et 15q25-qter trisomisyndrom". Am J Med Genet . 87 (5): 391–394. doi : 10.1002/(SICI) 1096-8628 (19991222) 87: 5 <391 :: AID-AJMG4> 3.0.CO; 2-O . PMID 10594876 .
Eksterne linker
- National Institutes of Health. "Kromosom 15" . Genetikk Hjemreferanse . Arkivert fra originalen 3. august 2004 . Hentet 2017-05-06 .
- "Kromosom 15" . Informasjonsarkiv for menneskelig genomprosjekt 1990–2003 . Hentet 2017-05-06 .